公司不能直接以哺乳期员工不能胜任工作为由解除劳动合同，而应先进行岗位调整或培训，若仍不能胜任，需提前三十日书面通知或额外支付一个月工资后才能解除，且需支付经济补偿金。具体分析如下：
- 法律对哺乳期员工的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，除非女职工存在严重违反用人单位规章制度、严重失职造成重大损害等法定过错情形，否则公司不能仅因哺乳期员工不能胜任工作而直接解除劳动合同。
- 不能胜任工作的处理流程
- 岗位调整或培训：如果公司认为哺乳期员工不能胜任原工作，首先应当根据医疗机构的证明，减轻其劳动量或者安排其他能够适应的劳动。此外，公司还可以对员工进行培训或者调整工作岗位，这是法律赋予公司的义务，也是对哺乳期员工的一种合理照顾。
- 解除劳动合同的条件：在进行了岗位调整或培训后，如果哺乳期员工仍然不能胜任工作，公司也不能直接解除劳动合同。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，公司需要提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，才可以解除劳动合同。并且，公司还需要按照员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿金。
- 注意事项
- 证据收集：公司在处理哺乳期员工不能胜任工作的问题时，应当注意收集相关证据，如员工的工作表现记录、培训记录、岗位调整通知等，以证明公司已经履行了相应的义务，并且员工的不能胜任工作是客观存在的。
- 合法合规操作：公司在解除劳动合同时，必须确保操作合法合规，避免侵犯哺乳期员工的合法权益。否则，公司可能会面临法律诉讼和赔偿风险。
如果公司遇到哺乳期员工不能胜任工作的情况，建议先与员工进行沟通协商，尽量通过岗位调整或培训等方式解决问题。如果确实需要解除劳动合同，也应当按照法律规定的程序进行操作，并确保支付相应的经济补偿金。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。