非法运输未检疫动物的处罚需根据具体情节，依据《中华人民共和国动物防疫法》及相关法规进行认定，主要分为行政处罚与刑事处罚两类。以下结合不同场景详细说明：

一、行政处罚（适用于情节较轻的违法行为）

根据《动物防疫法》第九十七条、第九十八条，若运输的动物未附有检疫证明，或运输依法应当检疫而未经检疫的动物，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，具体处罚措施包括：

1. 罚款：
   
   • 对货主：按同类检疫合格动物市场价格的一定比例处罚（通常为30%以下）；
     
   • 对承运人：若明知动物未检疫仍运输，处运输费用三倍以上五倍以下罚款；情节严重的，处五倍以上十倍以下罚款。
     
2. 补检与处理：
   
   • 经补检合格的动物，可出具检疫证明后继续运输；
     
   • 若补检不合格或无法补检（如动物已死亡），需无害化处理，费用由货主承担。

典型场景：个人或企业运输少量未检疫宠物、家禽，未造成疫情扩散风险。

二、刑事处罚（适用于情节严重的违法行为）

若非法运输未检疫动物导致重大动物疫情，或存在其他严重情节，可能构成《刑法》第三百三十七条规定的“妨害动植物防疫、检疫罪”，具体处罚包括：

1. 基本刑：处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
   
2. 加重情节：若单位犯罪，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款规定处罚。

典型场景：运输大量未检疫活畜，且动物携带口蹄疫、非洲猪瘟等重大动物疫病，导致疫情在运输途中或目的地扩散。

三、其他法律后果

1. 信用惩戒：违法行为可能被纳入信用记录，影响企业或个人参与招投标、政府采购等活动；
   
2. 民事赔偿：若因运输未检疫动物导致他人财产损失（如养殖场因疫情扑杀牲畜），需承担民事赔偿责任。

建议：运输动物前务必向当地动物卫生监督机构申报检疫，取得《动物检疫合格证明》后再运输。若已涉及违法行为，建议立即停止运输，主动配合调查，争取从轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用问题。