建设工程施工合同中约定建造师缺岗按3000元/天支付违约金，该约定在符合一定条件下是有效的。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的基本原则，当事人享有自愿订立合同的权利，包括约定违约金的数额或计算方式。
   • 因此，只要该约定是双方真实意思的表示，且不存在违法情形，即应认定为有效。

2. 违约金约定的有效性条件：

   • 违约金约定不存在欺诈、胁迫、恶意串通、损害国家、集体或第三人利益、以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益以及违反法律、行政法规的强制性规定等无效情形。
   • 在建设工程施工合同中，若建造师缺岗确实会对工程进度和施工质量造成影响，因此约定违约金作为对违约行为的约束是合理的。

3. 实际执行中的考量：

   • 虽然违约金约定有效，但在实际执行中，法院或仲裁机构可能会根据违约金的数额、违约行为的严重程度、守约方的实际损失等因素，对违约金的数额进行调整。
   • 如果违约金数额过高，远超出守约方的实际损失，可能会被认定为“过分高于造成的损失”，从而予以适当减少。

4. 建议与注意事项：

   • 在签订建设工程施工合同时，双方应明确约定违约金的数额或计算方式，并确保该约定符合法律法规的规定。
   • 同时，双方也应关注违约金的合理性，避免约定过高的违约金导致不必要的法律纠纷。
   • 在发生违约行为时，守约方应及时采取措施保护自己的权益，并依法向违约方主张违约金。

综上所述，建设工程施工合同中约定建造师缺岗按3000元/天支付违约金，在符合合同自由原则且不存在无效情形的情况下是有效的。但在实际执行中，违约金的数额可能会根据具体情况进行调整。因此，在签订合同时双方应谨慎约定，并在发生违约时依法主张权益。