结论：公司扣除您未休完年假的工资可能不合法，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、年假的法律规定
根据《职工带薪年休假条例》第三条，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天。您在公司做满一年，享有5天年假，这是您的合法权益。
二、年假未休完的处理方式
公司应安排休假：
- 公司有义务根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。若公司未安排您休完年假，原则上应支付您未休年假的工资报酬。
未休年假的工资报酬：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条，用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工年休假天数少于应休年休假天数，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。
- 若公司扣除您未休完年假的工资，相当于未支付您这部分工资报酬，可能违反了上述规定。
三、辞职时年假的处理
若您主动辞职：
- 若您主动辞职，且公司未安排您休完年假，公司应按照上述规定支付您未休年假的工资报酬。公司无权扣除您未休年假的工资。
若公司违法解除劳动合同：
- 若公司违法解除与您的劳动合同，导致您未休完年假，公司同样应支付您未休年假的工资报酬，并可能需承担违法解除劳动合同的法律责任。
四、公司扣除工资的可能情况及应对
公司扣除工资的合法性：
- 公司扣除您工资的行为，除非符合法律规定的特定情形（如您给公司造成经济损失、违反公司规章制度等），否则一般是不合法的。
- 在您的情况下，公司扣除您未休完年假的工资，并不属于法律规定的合法扣除情形。
应对措施：
- 与公司协商：首先，您可以尝试与公司协商，要求公司支付您未休年假的工资报酬。
- 申请劳动仲裁：若协商无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付未休年假的工资报酬及可能的违法解除劳动合同的赔偿金。
- 提起诉讼：若对劳动仲裁结果不满，您还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
五、具体计算（若需计算未休年假工资报酬）
假设您的日工资为X元，未休年假天数为2天，则公司应支付您的未休年假工资报酬为：
\(2天 \times X元/天 \times 300\% = 6X元\)（其中包含公司已支付的正常工作期间的工资报酬2X元，实际需额外支付4X元）。
建议：您应收集相关证据（如劳动合同、工资条、年假安排通知等），以便在协商、仲裁或诉讼过程中证明自己的权益。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。