核心结论：若营运车挂靠公司被抵押，您需要先明确抵押的合法性及自身权益情况，再根据不同情形采取相应措施，包括与公司协商、向相关部门投诉、通过法律途径解决等。以下是具体分析：

核心前提

您是将营运车挂靠在某公司，现在发现该公司将车辆进行了抵押，这可能涉及到您的车辆所有权、使用权以及经营收益等多方面的权益受到影响。

具体分析

1. 确认抵押的合法性
   • 查看挂靠合同：仔细审查您与挂靠公司签订的挂靠合同，看合同中是否对车辆抵押有相关约定。如果合同明确约定公司无权抵押车辆，那么公司的抵押行为可能构成违约。
   • 了解抵押手续：核实公司办理抵押时是否按照法律规定进行了登记等手续。如果抵押手续不合法，该抵押可能不具有法律效力。例如，根据《民法典》相关规定，以交通运输工具抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立；未经登记，不得对抗善意第三人。若未依法登记，在面对善意第三人时，您的权益可能难以得到保障。
2. 与公司协商解决
   • 沟通协商：与挂靠公司进行友好沟通，了解公司抵押车辆的原因和目的。要求公司说明抵押情况对您的营运车使用和收益会产生哪些影响，并协商解决方案。例如，要求公司解除抵押、提供担保以确保您的权益不受损害，或者给予您一定的经济补偿。
   • 书面协议：如果双方达成一致意见，一定要签订书面协议，明确双方的权利义务、解决方案的具体内容以及违约责任等，以避免后续再次出现纠纷。
3. 向相关部门投诉
   • 交通运输管理部门：如果挂靠公司的抵押行为违反了交通运输行业的相关规定，影响了您的正常营运，您可以向当地的交通运输管理部门投诉。交通运输管理部门有权对挂靠公司的经营行为进行监管和查处，可能会责令公司改正违法行为，保障您的合法权益。
   • 市场监督管理部门：若公司存在欺诈、虚假宣传等违反市场监管法律法规的行为，您可以向市场监督管理部门举报。市场监督管理部门会对公司的违法行为进行调查处理，维护市场秩序和您的合法权益。
4. 通过法律途径解决
   • 确认车辆所有权：如果车辆的所有权实际上属于您，而公司未经您同意擅自抵押，您可以向法院提起诉讼，要求确认公司的抵押行为无效，返还车辆或者赔偿您的损失。在诉讼过程中，您需要提供车辆购买合同、挂靠合同等相关证据，证明车辆的所有权归属。
   • 解除挂靠合同：如果公司的抵押行为严重影响了您的经营，导致您无法实现挂靠合同的目的，您可以依据合同约定或者法律规定，向法院起诉要求解除挂靠合同，并要求公司承担违约责任，赔偿您的经济损失，如车辆停运损失、预期收益损失等。

在处理此类问题时，建议您及时收集和保存相关证据，如挂靠合同、车辆购买凭证、与公司的沟通记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，都可以直接向我咨询。