结论：车抵贷本金贷了5万，三年总还款90000多是否合法，不能一概而论，需要结合具体的贷款利率、费用构成以及是否存在违法违规行为等因素来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从贷款利率角度分析
合法利率范围：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。
- 假设当前一年期LPR为3.85%（实际数值可能随时间变化），则合法利率上限约为15.4%（3.85% * 4）。
计算实际利率：
- 若本金为5万，三年总还款90000多，则总利息约为40000多。
- 使用公式计算年利率：\(年利率 = \frac{总利息}{本金 \times 贷款年数} \times 100\%\)
- 代入数值：\(年利率 = \frac{40000}{50000 \times 3} \times 100\% \approx 26.67\%\)
- 显然，26.67%的年利率超过了当前假设的合法利率上限15.4%。
结论：
- 如果实际年利率超过了合同成立时一年期LPR的四倍，则该车抵贷的利率可能不合法，超出部分的利息可能不受法律保护。
二、从费用构成角度分析
合法费用：
- 车抵贷可能涉及的费用包括利息、手续费、评估费、抵押登记费等。
- 这些费用如果合理且透明，且未超过法定上限，则是合法的。
非法费用：
- 如果贷款机构收取了不合理的费用，如“砍头息”（即放款时直接扣除部分利息）、高额手续费等，则可能构成违法违规行为。
- 这些非法费用会增加借款人的实际负担，导致总还款金额过高。
结论：
- 需要审查贷款合同中的费用条款，确认是否存在非法费用。如果存在，则总还款金额中的非法部分可能不受法律保护。
三、从违法违规行为角度分析
常见违法违规行为：
- 贷款机构可能存在虚假宣传、隐瞒重要信息、强制搭售保险等违法违规行为。
- 这些行为可能导致借款人陷入不利的贷款条件，增加还款负担。
结论：
- 如果贷款机构存在违法违规行为，且这些行为导致了总还款金额过高，则借款人可以通过法律途径维护自己的权益。
四、建议与行动
审查贷款合同：
- 仔细审查贷款合同中的利率、费用、还款方式等条款，确认是否存在不合理或违法违规的内容。
咨询专业人士：
- 如有需要，可以咨询金融监管部门或律师，了解贷款机构的合法性和贷款合同的合规性。
维护权益：
- 如果发现贷款机构存在违法违规行为或贷款合同存在不合理条款，可以通过法律途径维护自己的权益，如要求调整利率、退还非法费用等。
总结：车抵贷本金贷了5万，三年总还款90000多是否合法，需要结合具体的贷款利率、费用构成以及是否存在违法违规行为等因素来综合判断。如果年利率超过了合同成立时一年期LPR的四倍，或者存在非法费用或违法违规行为，则该车抵贷可能不合法。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。