在高级人民法院提审的买卖合同纠纷案件中，若被申请人申请双方账目审计鉴定而申请人不同意，法院将根据案件具体情况和法律规定来决定是否启动审计鉴定程序，申请人可通过充分阐述反对理由、申请专家辅助人参与等方式维护自身权益。具体分析如下：

1. 法院对审计鉴定申请的审查与决定权
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院对是否启动审计鉴定程序具有最终决定权。即使申请人不同意，法院仍可能基于以下因素批准被申请人的申请：

   • 案件必要性：若账目争议是案件核心事实（如货款金额、付款情况等），且双方证据存在明显矛盾，法院可能认为审计鉴定是查明事实的关键手段。
     
   • 证据充分性：若被申请人已提供初步证据（如账目记录、交易凭证等），而申请人仅口头反对但未提供反驳证据，法院可能倾向于支持审计鉴定。
     
   • 程序公正性：若账目问题复杂，仅凭双方陈述难以判断，法院可能通过审计鉴定保障双方权益，避免裁判不公。
     

2. 申请人的应对策略
   若申请人不同意审计鉴定，可从以下角度提出反对意见，并配合法院审查：

   • 质疑审计必要性：主张账目问题可通过现有证据（如合同、发票、对账单等）直接认定，无需额外审计。例如，若双方已对账并签署确认书，审计可能属于重复劳动。
     
   • 挑战审计可行性：指出账目资料不完整、不真实或已过时效，导致审计无法得出客观结论。例如，若被申请人未提供完整账册，或账目被篡改，审计结果可能不可信。
     
   • 提出替代方案：建议通过其他方式查明事实，如要求被申请人补充证据、传唤财务人员出庭说明，或由法院依职权调查取证。
     
   • 申请专家辅助人参与：若法院决定启动审计，申请人可申请财务专家作为“专家辅助人”参与鉴定过程，对审计范围、方法或结论提出专业意见，以制衡被申请人的主张。
     

3. 审计鉴定程序中的权利保障
   若法院最终批准审计鉴定，申请人仍可通过以下方式维护权益：

   • 参与鉴定机构选择：与被申请人协商确定或通过法院随机指定具有资质的审计机构，避免对方单方面选择可能存在利益关联的机构。
     
   • 监督审计过程：要求审计机构在审计前明确范围、方法，并在过程中提供必要资料或说明，防止审计偏离争议焦点。
     
   • 对鉴定结论提出异议：若审计报告存在程序违法（如未通知申请人参与）、依据不足或结论明显错误，申请人可在收到报告后及时向法院提出书面异议，要求重新鉴定或补充鉴定。
     

总结：申请人不同意审计鉴定时，需结合案件事实和法律程序，向法院充分说明反对理由，并积极通过证据提交、专家参与等方式影响法院判断。若审计程序启动，则需全程监督并依法行使异议权，以最大限度维护自身利益。