针对您提出的“民间借款合同纠纷的案件法院不同意申请笔迹鉴定怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，您需要了解法院不同意进行笔迹鉴定的具体原因。法院可能基于案件的具体情况、证据的充分性以及其他相关因素来作出这一决定。了解原因后，您可以更有针对性地采取后续措施。

如果认为笔迹鉴定对于案件的处理至关重要，您可以尝试与法院进行沟通，详细阐述进行笔迹鉴定的必要性和重要性。您可以提供相关的证据线索或理由，以支持您的申请。在沟通过程中，保持冷静和理性，尊重法院的决定，并寻求法院的理解和支持。

如果与法院的沟通无果，您可以考虑通过法定程序向上级法院申请复议或寻求其他法律救济途径。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，当事人对法院的决定有异议的，可以在规定的时间内向上级法院提出申诉。只要您的申请符合法定条件，上级法院通常会对此进行审查并作出相应的决定。

此外，您还可以考虑咨询专业的律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和支持。律师可以根据您的案件情况和法律规定，为您提供更详细的解决方案和建议。

总之，面对法院不同意进行笔迹鉴定的情况，您应该保持冷静和理性，了解原因后采取有针对性的措施。通过沟通、申诉或寻求法律救济途径，您可以维护自己的合法权益，并推动案件得到公正、合理的处理。