结论：是否按旷工处理，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了员工必须到指定的工作地点（如车间）报到，并且打卡行为必须在该工作地点完成，那么员工不在车间报到而在段人事科打卡，可能违反了公司的规章制度。
- 在这种情况下，公司有权根据规章制度对员工进行相应的处理，包括但不限于按旷工处理。但前提是，该规章制度必须合法、合理，并且已经向员工进行了公示或告知。
劳动合同的角度：
- 劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了员工的工作地点和报到方式，员工未按照约定执行，公司同样有权依据合同进行处理。
- 但如果劳动合同中没有明确规定，或者规定较为模糊，那么公司就不能单方面以旷工为由对员工进行处理，而需要与员工进行协商或依据其他相关规定。
实际工作情况的角度：
- 如果员工虽然不在车间报到，但在段人事科打卡后，仍然能够正常完成其工作任务，且没有对公司造成任何损失或影响，那么公司将其按旷工处理可能缺乏合理性。
- 在这种情况下，员工可以与公司进行沟通，说明自己的实际情况，并争取公司的理解和支持。
法律程序的角度：
- 如果公司坚持将员工按旷工处理，并因此解除了与员工的劳动合同，员工有权依法维护自己的合法权益。
- 员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。在劳动仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张。
建议：
- 对于员工而言，建议首先仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解自己的权利和义务。如果对自己的行为是否构成旷工有疑问，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，寻求明确的答复。
- 如果公司坚持按旷工处理，并且员工认为该处理决定不合理或违法，可以及时向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司按旷工处理员工，并且该处理决定被认定为合法有效，员工可能会面临工资扣减、警告、记过、解除劳动合同等后果。
- 如果员工认为公司的处理决定违法或不合理，并且成功通过劳动仲裁或诉讼维护了自己的权益，公司可能需要支付赔偿金、恢复劳动关系等。
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