结论：员工上班蹲坑被解雇是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
若员工行为未违反公司规章制度：
- 法律背景：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同应当有合法依据，如员工严重违反公司规章制度等。若员工上班蹲坑的行为并未违反公司明确规定的规章制度，且该行为未达到严重违反劳动纪律或职业道德的程度，那么用人单位以此为由解雇员工可能构成违法解除劳动合同。
- 法律建议：在此情况下，员工有权要求用人单位继续履行劳动合同或支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿金的两倍，经济补偿金则根据员工在用人单位的工作年限和月工资水平计算。
若员工行为违反公司规章制度：
- 法律背景：如果公司规章制度中明确规定了员工在工作时间不得长时间离开工作岗位，包括上厕所的时间限制，并且该规章制度已经通过民主程序制定、公示，且不违反法律法规的强制性规定，那么员工违反该规定可能构成严重违反公司规章制度。
- 法律分析：在此情况下，用人单位有权依据《劳动合同法》的相关规定，以员工严重违反公司规章制度为由解除劳动合同。但需要注意的是，公司规章制度中的规定应当合理，不能过分苛刻或侵犯员工的合法权益。例如，如果公司规定的上厕所时间过短，导致员工无法正常生理需求，那么该规定可能因不合理而无效。
- 法律建议：对于员工而言，如果认为公司规章制度中的相关规定不合理或侵犯了自己的合法权益，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。对于用人单位而言，在制定规章制度时应当充分考虑员工的合理需求，确保规章制度的合法性和合理性。
其他特殊情况：
- 如员工存在故意拖延时间、影响工作等行为：如果员工上班蹲坑的行为并非出于正常生理需求，而是故意拖延时间、影响工作等，且该行为被公司证明为故意为之，那么用人单位可能以此为由解除劳动合同。但同样需要确保公司规章制度中有相关规定，并且该规定合法合理。
- 如员工因健康原因需要频繁上厕所：如果员工因健康原因（如肠胃疾病等）需要频繁上厕所，且该情况已经向公司说明并提供了相关证明，那么公司应当给予理解和照顾。在此情况下，公司以员工上班蹲坑为由解雇员工可能构成违法解除劳动合同。
进一步思考：在处理此类劳动纠纷时，关键在于判断员工的行为是否违反了公司规章制度以及该规章制度是否合法合理。因此，建议用人单位在制定规章制度时应当充分考虑员工的合理需求，并确保规章制度的合法性和合理性；同时，员工也应当遵守公司规章制度，合理行使自己的权利。如果双方发生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
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