若卷烟厂倒班制度导致员工没有合理休息时间，员工可通过以下途径维护自身权益：

1. 核查倒班制度合法性
   根据《劳动法》第三十六条、第三十八条，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时，用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。若倒班制度导致员工连续工作超过法定时长（如“四班三运转”中可能存在连续工作12小时后仅休息8小时的情况），或未安排补休，则涉嫌违法。员工可要求企业提供排班表、考勤记录等证据，核实实际工作时间是否超出法定标准。

2. 主张加班费或补休
   若倒班导致员工在法定节假日、休息日或工作日延长工作时间，企业应按《劳动法》第四十四条支付加班费（法定节假日300%、休息日200%、工作日150%工资），或安排补休。若企业既未支付加班费也未补休，员工可要求补发工资或补休，并保留工资条、排班表等证据。

3. 通过劳动监察或仲裁维权
   若企业拒绝整改，员工可向当地劳动监察大队投诉（电话12333），或申请劳动仲裁。仲裁需提交仲裁申请书、身份证复印件、企业工商信息、证据材料（如劳动合同、排班表、工资条等）。仲裁时效为1年，自知道权益受损之日起计算。

4. 特殊工时制度需审批
   若企业实行综合计算工时制或不定时工作制（如部分卷烟厂可能申请特殊工时制），需经劳动行政部门审批，且平均日/周工作时间仍需符合法定标准。未经审批的特殊工时制无效，员工仍可按标准工时制主张权益。

建议行动步骤：

1. 收集证据：保存劳动合同、排班表、工资条、考勤记录等；
   
2. 与企业协商：明确要求调整排班、支付加班费或补休；
   
3. 投诉或仲裁：若协商无果，向劳动监察部门投诉或申请仲裁；
   
4. 咨询专业支持：如涉及复杂计算或证据收集，可进一步向我咨询具体操作。