关于使用假学历入职后追缴工资差额的时效问题，结论是：追缴工资差额的时效通常为三年，但具体还需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、时效的基本规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。然而，对于因拖欠劳动报酬而发生的争议，劳动者申请仲裁的时效期间相对特殊，其时效期间为劳动关系终止之日起一年内。但这里有一个重要的前提，即该规定主要针对的是正常劳动关系下的劳动报酬争议。对于使用假学历入职的情况，虽然表面上看似也是劳动报酬争议，但实质上涉及到了劳动者的诚信问题以及劳动合同的效力问题。
不过，若从更广泛的法律视角来看，如果用人单位在劳动者使用假学历入职后，仍然按照约定支付了工资，但后续发现学历造假并要求追缴工资差额（假设存在因学历不同而工资有差异的情况），这种追缴行为在性质上更接近于一种民事上的不当得利返还请求权。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，在这种情况下，用人单位追缴工资差额的时效可能更倾向于适用三年的规定。
二、实际操作的考量
劳动合同的效力：使用假学历入职，通常会导致劳动合同无效或部分无效。如果劳动合同被认定无效，那么基于该合同约定的工资条款也可能受到影响。但即便如此，用人单位也不能简单地要求劳动者返还所有已支付的工资，而是需要根据实际情况，如劳动者实际提供的劳动、用人单位的实际损失等因素，来合理确定应返还的金额。
时效的起算点：对于追缴工资差额的时效起算点，如果从用人单位知道或应当知道劳动者使用假学历入职之日起计算，可能更为合理。因为在此之前，用人单位可能并不知晓劳动者的学历造假情况，也就无法行使追缴的权利。
证据的收集：在追缴工资差额的过程中，证据的收集至关重要。用人单位需要提供充分的证据证明劳动者的学历造假行为，以及因学历造假而导致的工资差异。否则，其追缴请求可能难以得到支持。
三、法律建议
对于用人单位：在招聘过程中，应加强对劳动者学历等资质的审核力度，避免使用假学历的劳动者入职。一旦发现劳动者使用假学历入职，应及时与劳动者沟通，并根据实际情况合理确定应返还的工资差额。同时，注意收集相关证据，以备不时之需。
对于劳动者：应诚实守信，提供真实的学历等资质证明。如果因特殊原因使用了假学历入职，应尽快与用人单位沟通并说明情况，避免后续产生不必要的法律纠纷。
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