若被食品安全监管部门查到存在变质食品，核心处理步骤如下，需根据具体情况分阶段应对：

一、立即配合调查，避免扩大风险

1. 停止销售并封存变质食品
   立即下架、隔离所有被认定为变质的食品，防止继续流入市场。若涉及生产环节，需暂停相关生产线，避免证据灭失。
   法律依据：根据《食品安全法》第三十四条，禁止生产经营腐败变质、油脂酸败等食品，否则可能面临没收违法所得、罚款（最低10万元起）等处罚。

2. 配合监管部门取证
   主动提供进货记录、生产日期、保质期、检验报告等材料，说明变质食品的来源、数量及流向。若拒绝配合，可能被认定为“阻碍执法”，加重处罚。
   风险提示：隐瞒或伪造证据可能触犯《刑法》第二百八十条（伪造公司、企业印章罪）或第三百一十条（包庇罪）。

二、分析变质原因，固定责任证据

1. 内部自查

   • 生产环节：检查原料储存条件（如温度、湿度）、加工过程是否符合卫生标准（如是否生熟交叉污染）、包装材料是否合格。
     
   • 流通环节：核实运输是否符合冷链要求、仓储环境是否达标（如防潮、防虫）、销售场所是否定期清理过期食品。
     关键动作：拍摄现场照片、视频，留存温度记录、清洁记录等书面证据。

2. 第三方检测
   若对监管部门认定的“变质”有异议，可委托具有资质的检测机构对同批次食品进行复检，重点检测微生物指标（如菌落总数、大肠杆菌）、理化指标（如酸价、过氧化值）等。
   注意：复检申请需在收到检测报告后7日内提出，且需使用原样或备份样。

三、分类应对处罚，争取减轻责任

1. 若责任在己

   • 主动整改：销毁变质食品，完善食品安全管理制度（如建立追溯体系、加强员工培训），并向监管部门提交整改报告。
     
   • 协商处罚：根据《行政处罚法》第三十二条，若符合“主动消除危害后果”等情形，可申请从轻或减轻处罚（如罚款幅度降低）。
     案例参考：某超市因销售过期食品被罚5万元，后因主动召回并公开道歉，最终罚款减至2万元。

2. 若责任在第三方

   • 追责供应商：若变质因原料问题导致，可依据《民法典》第五百七十七条要求供应商承担违约责任（如赔偿损失、退货退款）。
     
   • 举报上游：向监管部门提供供应商违法线索，协助调查以减轻自身责任。
     证据要求：需提供采购合同、检测报告、沟通记录等证明供应商过错。

四、后续风险防范

1. 完善合规体系

   • 建立食品安全自查制度，定期检查库存食品状态。
     
   • 对高风险食品（如乳制品、肉类）实施更严格的保质期管理（如设置提前预警线）。
     
   • 培训员工识别变质特征（如异味、变色、包装膨胀）。

2. 购买食品安全责任险
   通过保险转移因食品变质引发的赔偿风险（如消费者索赔、监管部门罚款），降低经营损失。

总结：被查后需第一时间控制风险、配合调查，通过自查和检测明确责任，再根据责任归属采取整改或追责措施，最后通过合规管理和保险降低后续风险。若对处罚决定不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。