结论：原公司合同转入新公司后，仍由原公司缴纳社保的行为一般不合法，但存在特殊情形需具体分析。以下从不同角度展开说明：

1. 劳动关系与社保缴纳主体的法定一致性

根据《社会保险法》第五十八条及《劳动合同法》第十条，用人单位与劳动者建立劳动关系后，必须以自身名义为劳动者缴纳社保。若原公司已将劳动合同主体变更为新公司（如通过协议转让、合并分立等方式），则劳动关系已实际转移至新公司，此时社保缴纳主体应同步变更为新公司。
若仍由原公司缴纳社保，可能涉及以下违法情形：

• 虚构劳动关系：新公司未履行社保缴纳义务，可能被劳动监察部门责令补缴，并加收滞纳金（《社会保险法》第八十六条）；
  
• 损害劳动者权益：若原公司停止经营或无力承担社保费用，劳动者可能面临社保断缴风险，影响医疗、养老等权益；
  
• 税务合规风险：社保缴费基数与工资薪金需匹配，若原公司代缴可能导致新公司成本虚增、原公司税务异常。

2. 特殊情形下的合法性分析

若存在以下情况，原公司代缴社保可能被认定为合法或暂缓变更：

• 过渡期安排：新公司因系统对接、手续办理等原因，与原公司协商短期代缴（需签订书面协议并明确期限），但需确保社保权益实际归属劳动者；
  
• 集团内部委托代缴：若原公司与新公司属同一集团，且符合地方社保政策关于“集团内委托代缴”的规定（如需向社保部门备案），可能被允许；
  
• 劳动者同意：劳动者书面同意由原公司代缴，但此约定仅能约束双方，无法对抗社保部门的行政监管（即社保部门仍可要求新公司补缴）。

3. 实务建议

• 对劳动者：
  
  • 核查社保缴费记录中的“缴费单位”是否与劳动合同主体一致；
    
  • 若发现不一致，可要求新公司出具书面说明并补缴社保，或向劳动监察部门投诉。
    
• 对公司：
  
  • 合同主体变更时，同步办理社保关系转移手续；
    
  • 避免通过“代缴”规避用工责任，否则可能面临行政处罚及劳动者索赔。

如有进一步疑问（如具体操作流程、地方政策差异等），可直接向我咨询。