核心结论：二审法院撤销除名决定后，被停发的工资应依据《中华人民共和国劳动合同法》《工资支付暂行规定》及相关司法解释的规定补发，具体需结合工资支付周期、劳动关系存续状态等因素综合判断。以下从法律依据、补发范围、特殊情形三个角度展开说明：

一、法律依据：撤销除名决定后工资补发的直接依据

根据《劳动合同法》第48条及《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第46条，用人单位作出的除名决定被依法撤销的，视为劳动关系自始未解除，用人单位应补发除名决定生效期间（即停发工资期间）的工资。
关键点：撤销决定具有溯及力，劳动关系存续状态恢复至除名决定作出前，用人单位需承担工资支付义务。

二、补发范围：工资构成及计算标准

1. 基本工资：根据《工资支付暂行规定》第3条，工资包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。除名决定被撤销后，用人单位应补发上述全部工资项目。
   示例：若员工除名前月工资为8000元（含500元交通补贴），则补发金额应按8000元/月计算。
   
2. 加班工资：若除名期间存在加班事实，用人单位还需按《劳动法》第44条补发加班工资（工作日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）。
   
3. 年终奖/绩效工资：根据《劳动合同》或单位规章制度约定，若年终奖与工龄、绩效挂钩，且除名期间员工符合发放条件，用人单位应按比例补发。

三、特殊情形：补发义务的例外或限制

1. 员工过错导致除名：若二审法院撤销除名决定的原因是“程序违法”（如未通知工会），但员工确实存在严重违纪行为，用人单位可能以“员工未提供劳动”为由拒绝补发工资。
   法律依据：《工资支付暂行规定》第16条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%。
   
2. 除名期间员工已领取失业保险金：根据《社会保险法》第51条，员工重新就业或应征服兵役的，停止领取失业保险金。若除名决定被撤销后员工未实际提供劳动，用人单位可能主张以失业保险金抵扣工资，但司法实践中通常不支持该主张，因失业保险金与工资性质不同。
   
3. 用人单位已进入破产程序：根据《企业破产法》第113条，工资属于优先清偿的破产债权，但若用人单位财产不足以清偿全部债务，员工可能无法全额获赔补发工资。

行动建议：

1. 收集证据：整理除名决定书、二审判决书、工资条、考勤记录等材料，证明劳动关系存续及工资标准；
   
2. 协商或申请执行：若用人单位拒绝补发，可向劳动监察部门投诉或直接申请法院强制执行二审判决；
   
3. 关注时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快主张权利。
   

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