结论：公司以劳务合同代替劳动合同，在离职时，劳动者可以主张多项权益，主要包括未签订书面劳动合同的双倍工资差额、经济补偿金、加班费、未休年休假工资以及社会保险和住房公积金的补缴等。

详细分析：

1. 未签订书面劳动合同的双倍工资差额：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。因此，如果公司以劳务合同代替劳动合同，且未在法定期限内与劳动者签订书面劳动合同，劳动者有权要求公司支付双倍工资差额。

2. 经济补偿金：

   • 在劳动合同解除或终止时，如果符合法定情形（如公司提出解除劳动合同、劳动合同期满终止等），劳动者有权要求公司支付经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常根据劳动者在公司的工作年限和月工资来确定。

3. 加班费：

   • 如果劳动者在公司工作期间存在加班情况，且公司未按照法律规定支付加班费，劳动者有权要求公司补发加班费。加班费的计算标准根据加班时间和加班工资的计算基数来确定。

4. 未休年休假工资：

   • 根据《职工带薪年休假条例》的规定，劳动者连续工作满一定年限后，享有带薪年休假的权利。如果公司未安排劳动者休年休假，或者未按照法律规定支付未休年休假工资，劳动者有权要求公司补发。

5. 社会保险和住房公积金的补缴：

   • 公司作为用人单位，有义务为劳动者缴纳社会保险和住房公积金。如果公司以劳务合同代替劳动合同，且未为劳动者缴纳社会保险和住房公积金，劳动者有权要求公司补缴。

特别提醒：

• 在主张上述权益时，劳动者需要收集并保留相关证据，如工作证、工资条、加班记录、未休年休假证明等，以证明自己的主张。
• 如果与公司就权益主张发生争议，劳动者可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

建议：

• 劳动者在入职时，应仔细阅读并理解劳动合同或劳务合同的内容，确保自己的权益得到保障。
• 如果发现公司以劳务合同代替劳动合同，或者存在其他违法行为，劳动者应及时向相关部门投诉或寻求法律帮助。

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