结论：公司恶意以严重违纪开除员工，即便公司关闭，员工仍可依法申请仲裁维护自身权益。以下从多个角度为你详细分析并给出建议：
一、公司关闭不影响仲裁申请
法律主体资格：公司关闭并不意味着其法律主体资格的立即消灭。在公司正式注销前，其仍具有法律上的主体资格，可以作为仲裁的被申请人。因此，员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担违法解除劳动合同的法律责任。
仲裁程序：员工应准备充分的证据材料，如劳动合同、工资单、违纪通知、解除劳动合同通知书等，以证明公司存在恶意解除劳动合同的行为。仲裁委员会将依法受理并审理案件，根据事实和法律作出裁决。
二、公司注销后的处理
清算程序：如果公司在仲裁过程中或仲裁裁决后注销，员工应关注公司的清算程序。根据《公司法》的相关规定，公司清算时，清算组应当将公司解散清算事宜书面通知全体已知债权人，并根据公司规模和营业地域范围在全国或者公司注册登记地省级有影响的报纸上进行公告。员工作为债权人之一，有权参与清算程序并申报债权。
债权申报：员工应在规定的期限内向清算组申报债权，说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组将对申报的债权进行登记，并在清算结束后编制债权表。员工有权查阅债权表，并对清算组的债权登记提出异议。
清偿顺序：在公司清算财产分配时，员工的工资、经济补偿金等劳动债权享有优先受偿权。这意味着，在清算财产不足以清偿所有债务的情况下，员工的劳动债权将优先得到清偿。
三、法律建议
及时申请仲裁：员工应尽快向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以免因公司关闭或注销而错过维权时机。
保留证据：员工应妥善保管与劳动合同、工资支付、违纪处理等相关的证据材料，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
关注清算程序：如果公司进入清算程序，员工应积极关注清算进展，及时申报债权并参与清算分配。
寻求法律援助：如果员工在仲裁或清算过程中遇到困难或问题，可以寻求专业律师的法律援助，以更好地维护自己的合法权益。
四、可能面临的法律后果
公司承担法律责任：如果仲裁委员会认定公司存在恶意解除劳动合同的行为，公司可能需要承担支付赔偿金、继续履行劳动合同等法律责任。
清算组责任：如果清算组在清算过程中未依法履行通知和公告义务，导致员工未能及时申报债权并参与清算分配的，清算组可能需要承担相应的法律责任。
总结与启示：面对公司恶意以严重违纪开除员工且公司关闭的情况，员工应保持冷静并依法维权。通过及时申请仲裁、保留证据、关注清算程序以及寻求法律援助等措施，员工可以有效地维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。