结论：助理医师在卫生院注册但在两个村一体化卫生室开药的行为是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及执业地点、多点执业许可及诊疗活动合规性三个方面。以下从不同角度详细分析：

1. 执业地点与注册范围

根据《医师执业注册管理办法》第五条，医师执业应当经注册取得《医师执业证书》，且执业地点为省级行政区划（如某省某市），执业范围为具体医疗机构（如某卫生院）。

• 若助理医师仅在卫生院注册，未在村卫生室备案或注册：
  根据《医疗机构管理条例》第二十八条，医师必须在注册的医疗机构内执业。若助理医师未在村卫生室办理多点执业备案或变更注册，直接在村卫生室开药属于超范围执业，可能面临警告、暂停执业等行政处罚（《医师法》第五十七条）。
  
• 若助理医师已办理多点执业备案：
  根据《医师执业注册管理办法》第十七条，医师在主要执业机构外的其他医疗机构执业，需经主要执业机构同意并备案。若助理医师已按流程在村卫生室备案，则行为合法。

2. 村卫生室与卫生院的隶属关系

• 若村卫生室是卫生院的分支机构（一体化管理）：
  部分地区允许卫生院统一管理村卫生室，医师在卫生院注册后可在下属村卫生室执业。此时需确认当地政策是否明确允许此类“跨点执业”，若政策支持且程序合规，则行为合法。
  
• 若村卫生室与卫生院无隶属关系：
  助理医师必须在村卫生室单独注册或备案，否则属于非法执业。

3. 诊疗活动的合规性

即使执业地点合法，助理医师的诊疗行为仍需符合以下要求：

• 必须在执业医师指导下行医：根据《医师法》第三十五条，助理医师独立从事诊疗活动（如开药）需在执业医师指导下进行。若村卫生室无执业医师在场，助理医师单独开药可能构成违法。
  
• 不得超出执业范围：助理医师的执业范围需与注册专业一致（如临床、中医等），若开药涉及超出专业范围的处方（如精神类药品），则属违法。

4. 法律后果与建议

• 行政责任：非法执业可能被卫生行政部门警告、罚款（《医师法》第五十七条），甚至吊销执业证书。
  
• 民事责任：若因非法执业导致患者损害，医疗机构和医师需承担赔偿责任（《民法典》第一千二百一十八条）。
  
• 建议：
  
  1. 确认村卫生室是否属于卫生院分支机构，并核实当地政策是否允许跨点执业；
     
  2. 若需多点执业，及时办理备案或变更注册；
     
  3. 确保在执业医师指导下开展诊疗活动，避免独立行医。

总结：助理医师的行为是否合法需结合注册范围、多点执业备案、机构隶属关系及诊疗行为合规性综合判断。若存在疑问，建议直接向我咨询具体细节，以便进一步分析。