执业医师注册在乡镇卫生院但在卫生室上班是否合法，需分情况讨论：

1. 若卫生室属于乡镇卫生院的派出机构或分支机构：

   • 在这种情况下，执业医师注册在乡镇卫生院，但实际在卫生室上班，通常是合法的。因为卫生室作为乡镇卫生院的组成部分，其医疗活动由乡镇卫生院统一管理和负责。执业医师在卫生室的工作，可视为在乡镇卫生院执业范围内的延伸。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国执业医师法》及相关卫生法规，执业医师在完成注册后，有权在各类医疗、预防、保健机构中，按照其注册的执业类别和范围开展医疗活动。若卫生室被认定为乡镇卫生院的一部分，则执业医师在此执业无需额外注册。

2. 若卫生室与乡镇卫生院无隶属关系，为独立法人机构：

   • 在此情况下，执业医师注册在乡镇卫生院，却单独在卫生室上班，可能构成违法执业。因为执业医师的注册地点与其实际执业地点不一致，违反了《中华人民共和国执业医师法》中关于执业注册的规定。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国执业医师法》及相关规定，医师未按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门给予警告或者责令暂停六个月以上一年以下执业活动；情节严重的，吊销其医师执业证书。
   • 特殊情况：若执业医师因工作需要，需在多个地点执业，应按照规定办理多点执业手续。多点执业是指符合条件的执业医师经卫生行政部门注册后，受聘在两个以上医疗机构执业的行为。

建议与注意事项：

• 核实卫生室与乡镇卫生院的关系：执业医师在决定在卫生室上班前，应首先核实卫生室与乡镇卫生院的关系，确认卫生室是否属于乡镇卫生院的派出机构或分支机构。
• 办理多点执业手续：若卫生室与乡镇卫生院无隶属关系，且执业医师希望在卫生室执业，应按照规定办理多点执业手续，确保执业的合法性。
• 遵守医疗规范与行业规定：无论在哪种情况下执业，执业医师都应遵守医疗规范与行业规定，确保医疗活动的安全与有效。

总结：执业医师注册在乡镇卫生院但在卫生室上班是否合法，取决于卫生室与乡镇卫生院的关系以及是否办理了多点执业手续。为确保执业的合法性，执业医师应提前了解并遵守相关法律法规和规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。