编制在乡镇卫生院，去县医院上班拿两份工资，这一行为是否合法，需要分情况讨论：
若存在合法借调或兼职协议，且符合相关规定：
- 如果乡镇卫生院与县医院之间存在合法的借调协议，或者你与县医院之间签订了合法的兼职协议，并且这些协议符合《中华人民共和国劳动合同法》以及相关法律法规的规定，那么你同时从两个单位获取工资可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要满足严格的法律条件，包括但不限于：借调或兼职必须得到原单位（乡镇卫生院）的同意；借调或兼职期间的工作安排、工资支付等必须明确约定；且不得违反原单位与你的劳动合同中的相关条款。
若不存在合法借调或兼职协议，或违反相关规定：
- 违反劳动合同：如果你与乡镇卫生院签订的劳动合同中明确规定了不得在其他单位兼职或借调，而你未经允许擅自去县医院上班并领取工资，那么这一行为可能构成违约，乡镇卫生院有权依据劳动合同追究你的责任。
- 违反劳动法规：即使没有明确的劳动合同条款限制，如果你在县医院的工作时间、工作内容等与乡镇卫生院的工作产生冲突，或者你利用在乡镇卫生院的资源为县医院工作，从而损害了乡镇卫生院的利益，那么这一行为也可能违反《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规中关于劳动者忠诚义务和竞业限制的规定。
- 税务问题：同时从两个单位获取工资，还可能涉及税务问题。你需要确保你的收入已经按照税法规定进行了申报和纳税，否则可能面临税务机关的处罚。
法律建议：
- 审查合同条款：首先，你需要仔细审查与乡镇卫生院签订的劳动合同，了解其中关于兼职、借调以及忠诚义务等方面的条款。
- 咨询单位意见：如果你有意去县医院上班，最好先与乡镇卫生院进行沟通，了解单位的态度和意见，并尝试达成合法的借调或兼职协议。
- 遵守法律法规：无论你是否能够达成合法的借调或兼职协议，都需要确保你的行为符合《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及相关税务法规的规定。
- 寻求法律帮助：如果你对相关法律法规或合同条款存在疑问，或者在与单位沟通的过程中遇到困难，建议寻求专业的法律帮助，以确保你的权益得到保障。
可能后果：
- 如果你的行为被认定为违法或违约，你可能需要承担违约责任，包括但不限于赔偿乡镇卫生院的损失、返还非法获取的工资等。
- 你还可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金以及罚款等。
总之，编制在乡镇卫生院去县医院上班拿两份工资是否合法，取决于是否存在合法的借调或兼职协议以及是否符合相关法律法规的规定。在做出决定之前，建议你仔细审查合同条款、咨询单位意见，并寻求专业的法律帮助。