结论前置：请假扣工资是按底薪还是总工资，并没有一个固定的答案，而是需要根据公司的规章制度、劳动合同的约定以及当地的相关法律法规来综合判断。不过，无论按哪种方式扣除，扣除后的工资都不得低于当地的最低工资标准，且扣薪方式应当公平合理。
详细分析
公司规章制度与劳动合同约定
- 公司规章制度：许多公司会制定详细的考勤和薪酬管理制度，其中会明确规定请假期间的工资扣除标准。这些制度可能规定扣除的是基本工资，也可能是包括绩效工资在内的总工资的一部分。因此，首先需要查阅公司的相关规章制度，了解具体的扣薪规定。
- 劳动合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了请假工资的扣除方式，那么应当优先按照合同约定执行。
法律法规依据
- 《中华人民共和国劳动法》：该法规定工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平，但必须在遵守法律法规的前提下制定扣款规定。这意味着，扣薪方式不能违反法律法规的强制性规定。
- 最低工资保障：无论按底薪还是总工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准。这是为了保障劳动者的基本生活需要。
实际操作中的常见做法
- 扣除基本工资：在某些情况下，公司可能会选择仅扣除员工的基本工资部分，而保留绩效工资或其他补贴。这种做法通常适用于短期请假或事假等情况。
- 按比例扣除总工资：另一种常见的做法是根据员工的实际出勤天数，按比例扣除其总工资（包括基本工资、绩效工资等）。这种做法更为公平合理，能够反映员工的实际工作情况。
实践建议
- 了解公司政策：在请假前，务必了解公司的请假扣工资政策，包括扣薪的计算方式、扣除比例等，以便做好相应的经济准备。
- 沟通询问：如果对公司的扣薪方式有疑问或认为不合理，应及时与人力资源部门沟通，明确公司的规定和计算方法，避免产生不必要的误解和纠纷。
- 合法维权：如果认为公司的扣薪行为违反了法律法规或劳动合同的约定，可以向当地劳动行政管理部门投诉举报，或者通过申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
举例说明
假设某员工的月工资为5000元，其中基本工资为3000元，绩效工资为2000元。如果该员工请了3天事假，且公司规定按日均基本工资扣除请假工资，那么：
- 日均基本工资 = 基本工资 / 月计薪天数（假设月计薪天数为21.75天）= 3000 / 21.75 ≈ 137.93元
- 请假扣除工资 = 日均基本工资 * 请假天数 = 137.93 * 3 ≈ 413.79元
如果公司规定按总工资的比例扣除请假工资，且比例为日均总工资的100%（即按实际出勤天数比例扣除），那么：
- 日均总工资 = 总工资 / 月计薪天数 = 5000 / 21.75 ≈ 229.89元
- 请假扣除工资 = 日均总工资 * 请假天数 = 229.89 * 3 ≈ 689.66元（但实际操作中，公司可能会根据具体情况调整扣除比例，以避免扣除过多）
不过，在实际操作中，公司通常会根据自身的薪酬制度和政策来制定更为合理的扣薪方式。因此，具体扣除多少还需根据公司的规定来确定。
综上所述，请假扣工资的计算方式需综合考虑多方面因素。作为员工，应当充分了解公司的政策，并在必要时采取合法措施来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。