在仲裁开庭时，如果对方拿出制度签字文件，但员工不承认，可以按照以下步骤处理：

1. 核实签字真实性：

   • 首先，需要确认该签字是否为员工本人所签。这可以通过笔迹鉴定等方式进行核实。如果签字并非员工本人所签，那么该制度文件对员工自然不产生法律效力。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关法律规定，证据应当真实、合法、有效。如果签字被证实为伪造或非员工本人所签，该证据将不被采纳。

2. 审查制度制定程序：

   • 即使签字为员工本人所签，也需要审查该制度的制定程序是否合法。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果制度制定程序不合法，即使员工签字，该制度也可能因违反法定程序而不被仲裁机构或法院采纳。

3. 审查制度内容合法性：

   • 除了制定程序外，还需要审查制度内容是否合法。如果制度内容违反了法律法规的强制性规定，或者侵犯了员工的合法权益，那么该制度同样无效。
   • 例如：如果制度中规定了不合理的加班要求、低于法定标准的工资支付等，这些条款都可能因违法而无效。

4. 提供反驳证据：

   • 员工可以提供其他证据来反驳对方的主张。例如，员工可以提供工作记录、考勤表、工资单等证据，证明自己并未违反制度规定，或者证明制度规定本身存在问题。
   • 证据收集：员工应尽可能收集与案件相关的所有证据，包括书面证据、电子证据、证人证言等，以便在仲裁或诉讼过程中充分证明自己的主张。

5. 申请仲裁机构或法院调查取证：

   • 如果员工无法自行收集到关键证据，可以向仲裁机构或法院申请调查取证。仲裁机构或法院有权要求对方提供相关证据，或者自行调查取证，以查明案件事实。

6. 寻求专业法律帮助：

   • 在处理此类劳动争议时，建议员工寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理仲裁或诉讼等服务，帮助员工更好地维护自己的合法权益。

针对不同情况的建议：

• 如果签字非员工本人所签：员工应坚决否认签字，并申请笔迹鉴定。同时，提供其他证据证明自己并未违反制度规定。
• 如果制度制定程序不合法：员工可以指出制度制定程序存在的问题，并要求仲裁机构或法院认定该制度无效。
• 如果制度内容违法：员工可以指出制度内容中的违法条款，并要求仲裁机构或法院不予采纳这些条款。

后续行动建议：

• 在仲裁或诉讼过程中，员工应保持冷静、理性，积极配合律师的工作，提供必要的证据和信息。
• 同时，员工也应了解自己的权利和义务，遵守仲裁或诉讼程序的规定，以便更好地维护自己的合法权益。

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