公司发现员工在职期间违反《不正当竞争法》时，可依法采取以下处理措施，具体需结合行为性质、损害后果及证据情况综合判断：

1. 内部调查与证据固定

• 启动内部调查：公司应立即成立专项小组，通过调取监控、邮件、聊天记录、合同文件等客观证据，核实员工是否存在商业贿赂、虚假宣传、侵犯商业秘密、串通投标等违法行为。
• 证据固定要点：
  • 商业贿赂：需证明员工与第三方存在利益输送（如转账记录、礼品清单）；
  • 侵犯商业秘密：需证明员工接触了公司保密信息（如劳动合同中的保密条款、访问权限记录）且信息具有商业价值；
  • 虚假宣传：需留存员工对外发布的虚假或误导性宣传材料。

2. 根据行为性质选择处理方式

• 情节轻微且未造成损失：
  • 纪律处分：依据公司规章制度（如《员工手册》）给予警告、记过、降薪或解除劳动合同等处罚；
  • 要求停止侵权：书面通知员工立即停止违法行为（如删除虚假宣传内容、归还商业秘密资料）。
• 情节严重或造成重大损失：
  • 解除劳动合同：若员工行为构成“严重违反用人单位规章制度”或“被依法追究刑事责任”，公司可依据《劳动合同法》第39条无偿解除合同；
  • 民事索赔：向法院起诉要求员工赔偿经济损失（如商业秘密泄露导致的客户流失、研发成本损失等）；
  • 行政举报：向市场监管部门举报，由行政部门对员工处以罚款（如虚假宣传可处20万-100万元罚款）；
  • 刑事报案：若行为涉嫌犯罪（如侵犯商业秘密罪、非国家工作人员受贿罪），向公安机关报案追究刑事责任。

3. 特殊情形处理

• 员工利用职务便利与第三方勾结：
  • 若第三方公司参与不正当竞争（如共同虚假宣传），公司可同时起诉员工和第三方，要求连带赔偿；
  • 若第三方为公司客户或供应商，可依据合同条款追究其违约责任。
• 员工离职后继续实施违法行为：
  • 若行为基于在职期间获取的信息或资源，公司仍可追究其责任；
  • 需注意诉讼时效（民事索赔一般为3年，刑事追诉期根据罪名不同）。

4. 风险防范建议

• 完善合规制度：在劳动合同中明确禁止不正当竞争行为，制定《商业秘密保护制度》《反贿赂政策》等文件；
• 定期培训：组织员工学习《反不正当竞争法》《刑法》相关条款，强化合规意识；
• 技术防护：对核心商业秘密采取加密存储、访问权限控制等措施，降低泄露风险。

提示：具体处理需结合个案证据和当地司法实践，建议公司先委托律师评估风险，再决定是否启动法律程序。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。