职工董事在与控股股东的关联交易中确实需要回避。这一结论主要基于《中华人民共和国公司法》及相关法规和规范性文件的规定，旨在确保董事会决策的公正性、客观性和合理性，防止利益冲突，保护公司和股东利益。以下是对这一问题的详细分析：
一、董事回避的基本规定
《中华人民共和国公司法》明确规定，上市公司董事与董事会会议决议事项所涉及的企业有关联关系的，不得对该项决议行使表决权，也不得代理其他董事行使表决权。这一规定同样适用于职工董事，当他们与控股股东存在关联交易时，必须遵循回避原则。
二、关联关系的具体定义
关联董事，包括职工董事，在以下情况下需要回避：
这些具体的定义有助于在实际操作中准确识别关联关系，确保回避制度的有效执行。
三、董事会会议的举行与决议通过条件
当职工董事等关联董事回避后，董事会会议需由过半数的无关联关系董事出席方可举行。同时，董事会会议所作决议必须经无关联关系董事过半数通过。这一规定确保了董事会决议的合法性和有效性，防止了因关联董事参与而导致的决策偏颇。
四、特殊情况的处理方式
如果出席董事会的无关联关系董事人数不足三人，该事项应提交上市公司股东大会审议。这一规定进一步保障了公司决策机构的合法性和决策的有效性，特别是在关联董事较多、无关联董事人数不足的情况下，能够确保重要事项得到充分的讨论和审议。
五、职工董事回避的实践意义
职工董事作为公司董事会的一员，虽然代表职工利益，但在涉及与控股股东的关联交易时，同样需要遵循回避原则。这是因为关联交易可能涉及复杂的利益关系，如果职工董事不回避，可能会因个人利益或情感因素而影响决策的公正性。因此，职工董事的回避是保障公司决策公正、合理的重要一环。
六、法律责任与后果
虽然《中华人民共和国公司法》未直接规定董事违反回避原则的具体法律责任，但《中华人民共和国民法典》明确指出，营利法人的控股出资人、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用其关联关系损害法人的利益；利用关联关系造成法人损失的，应当承担赔偿责任。因此，如果职工董事违反回避原则，可能面临法律责任和赔偿后果。
总结与建议：
职工董事在与控股股东的关联交易中需要回避，这是保障公司决策公正、合理的重要制度。在实际操作中，公司应严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保职工董事等关联董事的回避制度得到有效执行。如果您在职工董事回避或公司治理方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。