针对您提出的问题“闭店与员工协商补偿金，员工同意补偿金额但是不签字，怎么办”，以下是我的分析和建议：

1. 理解员工不签字的可能原因：

   • 员工可能对协议中的某些条款存在疑虑或担忧，尽管同意补偿金额，但希望进一步了解或修改协议内容。
   • 员工可能出于个人原因（如情绪、时间等）暂时不愿签字，但并不意味着拒绝接受补偿。
   • 员工可能担心签字后失去某些权益或面临不利后果。

2. 与员工进一步沟通：

   • 主动沟通：与员工进行面对面的交流，了解其不签字的具体原因，并尝试解答其疑虑。
   • 解释协议内容：详细解释协议中的各项条款，确保员工充分理解并同意所有内容。
   • 提供法律咨询：如果员工对法律条款或权益存在疑问，可以提供专业的法律咨询，帮助其理解并消除顾虑。

3. 考虑调整协议或补偿方案：

   • 根据员工反馈调整：如果员工提出合理的修改建议，且这些建议不违反法律法规或公司政策，可以考虑对协议进行相应调整。
   • 提供额外补偿或福利：为了增强员工的签字意愿，可以考虑在原有补偿基础上提供额外的补偿或福利，如提供职业培训、推荐就业机会等。

4. 采取法律手段确保协议效力：

   • 书面确认：如果员工口头同意但不愿签字，可以要求其以书面形式（如邮件、短信等）确认同意补偿金额和协议内容。虽然书面确认的法律效力可能不如签字协议，但在一定程度上可以作为证据。
   • 公证或见证：在可能的情况下，可以邀请第三方（如公证处、律师等）对协商过程进行公证或见证，以增强协议的法律效力。
   • 诉讼或仲裁：如果员工最终拒绝签字且无法达成一致，公司可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。但这一步骤应作为最后手段，因为诉讼或仲裁可能耗时较长且成本较高。

5. 注意事项：

   • 确保协议合法合规：在协商和制定补偿协议时，必须确保协议内容符合相关法律法规和公司政策，避免违法违规行为。
   • 保护员工权益：在协商过程中，应充分尊重员工的权益和利益，避免采取强制或欺诈手段迫使员工签字。
   • 保留相关证据：在协商过程中，应保留好与员工沟通的记录、协议草案等相关证据，以备不时之需。

总结来说，面对员工同意补偿金额但不签字的情况，公司应首先与员工进行进一步沟通，了解其不签字的原因并尝试解答疑虑。如果员工提出合理的修改建议或需要额外补偿，公司可以考虑进行相应调整。在必要时，可以采取法律手段确保协议效力，但应作为最后手段。在整个过程中，公司应确保协议合法合规、保护员工权益，并保留好相关证据。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。