行政协议起诉后，在一定条件下是可以调解的。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条的规定：“人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。”这一规定明确了行政诉讼中调解的例外情形，即除了特定类型的案件外，原则上不允许调解，但特定情形下可以调解，且调解需遵循自愿、合法原则。

二、可调解的行政协议案件类型

1. 行政赔偿案件：

   • 当行政协议中的行政行为被确认违法或无效，并给当事人造成损害时，当事人有权要求行政赔偿。在此类案件中，法院可以组织双方进行调解，就赔偿数额、方式等达成一致意见。

2. 行政补偿案件：

   • 行政补偿是指因公共利益需要，行政机关依法对公民、法人或其他组织的合法权益给予补偿的行为。在行政协议中，如果涉及因公共利益需要而进行的征收、征用等，且双方对补偿标准、方式等存在争议，法院也可以进行调解。

3. 行政机关行使自由裁量权的案件：

   • 自由裁量权是指行政机关在法律、法规规定的范围和幅度内，根据具体情况自行判断并作出决定的权力。在行政协议中，如果涉及行政机关行使自由裁量权，如行政处罚的幅度、行政许可的条件等，且双方愿意通过协商解决问题，法院也可以组织调解。

三、调解的程序与效力

• 调解程序：调解应当遵循自愿、合法的原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。调解过程应公开透明，确保双方当事人的知情权、参与权和表达权。调解需经双方当事人同意，并在法院或行政机关的主持下进行。

• 调解效力：经法院主持达成的调解协议，具有与判决同等的法律效力。双方当事人应当履行调解协议，一方不履行或反悔的，另一方可以申请法院强制执行。

四、不可调解的行政协议案件类型

• 羁束行政行为引发的案件：羁束行政行为是指行政机关必须严格按照法律规定实施的行政行为，没有自由裁量的余地。在行政协议中，如果涉及羁束行政行为，如税务机关征税行为，必须严格依照税法规定进行，不存在调解的可能性。

• 违反法律强制性规定的案件：若行政协议中的行政行为明显违反法律强制性规定，或损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，则不能通过调解解决。

五、实际案例与法律建议

在实际操作中，行政协议起诉后的调解并不罕见。例如，在土地征收补偿协议纠纷中，双方可能就补偿标准、支付方式等存在争议。此时，法院可以组织双方进行调解，根据土地的市场价值、被征收人的实际损失等因素，协商确定合理的补偿方案。

法律建议：

• 如果您作为行政协议的一方，认为协议存在争议并考虑起诉，建议先评估案件是否属于可调解的类型。
• 在起诉前或诉讼过程中，您可以主动与对方协商，尝试通过调解解决争议，以节省时间和成本。
• 如果决定通过诉讼解决争议，并希望进行调解，应在诉讼过程中向法院明确表达调解意愿，并积极配合法院组织的调解工作。

总之，行政协议起诉后能否调解取决于案件的具体类型和法律规定。如果您在行政协议方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。