行政协议案件在一定条件下是可以调解的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条的规定：“人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。” 行政协议案件，作为行政机关与公民、法人或者其他组织之间因行政协议的履行、解释、解除等产生的争议，往往涉及行政机关的自由裁量权，因此，在符合法律规定的条件下，是可以进行调解的。

调解的适用条件

1. 自愿原则：调解必须建立在双方当事人自愿的基础上，任何一方不得强迫对方接受调解。
2. 合法原则：调解的内容必须合法，不得违反法律、法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
3. 涉及自由裁量权：调解通常适用于行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件。在行政协议案件中，如果行政机关在协议履行过程中享有一定的自由裁量权，如决定是否给予补偿、补偿的数额等，那么这些案件就可能成为调解的对象。

调解的实践应用

在行政协议案件的调解过程中，法院或调解机构会引导双方当事人就争议问题进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。调解成功后，双方当事人可以签订调解协议，该协议具有法律效力，双方应当履行。如果一方不履行调解协议，另一方可以向法院申请强制执行。

调解的优势

1. 高效解决争议：调解可以避免繁琐的诉讼程序，快速解决争议，节省双方当事人的时间和精力。
2. 维护双方关系：调解过程中，双方当事人可以充分沟通，增进理解，有助于维护或改善双方的关系。
3. 灵活性强：调解可以根据双方当事人的实际情况和需求，灵活制定解决方案，更符合双方的实际利益。

注意事项

1. 调解不是万能的：虽然调解在行政协议案件中具有诸多优势，但并非所有行政协议案件都适合调解。例如，涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益的案件，可能就不适合通过调解来解决。
2. 调解协议的合法性：在签订调解协议时，双方当事人必须确保协议内容合法，不得违反法律、法规的强制性规定。
3. 调解不成时的处理：如果调解不成，双方当事人仍然可以通过诉讼等法律途径来解决争议。

总结与建议：行政协议案件在一定条件下是可以调解的，但调解必须遵循自愿、合法原则，且不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。在调解过程中，双方当事人应充分沟通，寻求合理的解决方案。如果调解不成或调解协议无法履行，双方当事人仍然可以通过法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。