结论：公司因员工超过两次未打卡而扣钱是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法有效、扣款是否合理以及是否符合劳动合同的约定等。以下从不同角度进行详细分析：

一、公司规章制度的角度

1. 规章制度需合法有效：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
   • 规章制度需经过民主程序制定，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 规章制度还需公示或告知劳动者，确保劳动者知晓并理解其中的内容。

2. 扣款规定需合理：

   • 即使规章制度合法有效，其中的扣款规定也需合理。例如，扣款金额不应过高，不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 扣款应与未打卡行为有直接的因果关系，且扣款目的应是为了惩罚违规行为或弥补公司损失，而非变相克扣工资。

二、劳动合同的角度

1. 劳动合同约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了未打卡的扣款条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣款可能是合法的。
   • 但需注意，劳动合同中的扣款条款也应遵循上述规章制度中的合理性和合法性原则。

2. 未约定时的处理：

   • 如果劳动合同中未约定未打卡的扣款条款，公司单方面扣款可能缺乏法律依据，劳动者有权拒绝并寻求法律救济。

三、实际操作中的建议

1. 核实规章制度：

   • 劳动者应首先核实公司的规章制度是否合法有效，以及其中关于未打卡扣款的规定是否合理。

2. 与用人单位沟通：

   • 如果认为公司的扣款行为不合理或违法，劳动者可以与用人单位进行沟通，要求解释扣款依据并寻求解决方案。

3. 寻求法律救济：

   • 如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

四、可能存在的法律后果

1. 公司违法扣款的后果：

   • 如果公司违法扣款，劳动者有权要求公司返还被扣的工资，并可能要求公司支付赔偿金。
   • 公司还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。

2. 劳动者维权的途径：

   • 劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益，要求公司承担相应的法律责任。

总结与建议：公司因员工超过两次未打卡而扣钱是否合法，需综合考虑公司规章制度、劳动合同约定以及实际操作中的合理性等因素。如果劳动者认为公司的扣款行为不合理或违法，建议及时与用人单位沟通并寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。