核心结论：在工伤治疗期间，工厂请假问题主要涉及工伤认定、停工留薪期确定及请假流程与权益保障，以下为你详细阐述：
工伤认定是前提
- 首先，要确保你的受伤情况已经被认定为工伤。根据《工伤保险条例》规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。你需要及时向工厂报告受伤情况，并由工厂在30日内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果工厂未按规定申请，你或你的近亲属、工会组织可以在1年内直接提出申请。只有被认定为工伤后，你才能享受相应的工伤待遇，包括停工留薪期内的工资福利等。
停工留薪期的确定
- 工伤认定后，接下来要确定停工留薪期。停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。这个期限一般由劳动能力鉴定委员会根据工伤职工的伤情来确定，也可以由治疗工伤的医疗机构出具证明，由工厂根据医疗机构证明和劳动能力鉴定委员会的意见来确定。在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。所以，在停工留薪期内，你不需要像普通请假那样担心工资扣除等问题，工厂应当按照规定支付你相应的待遇。
请假流程与权益保障
- 请假流程：虽然停工留薪期内你享有工资福利保障，但为了规范管理和保障你的权益，建议你按照工厂的请假流程进行操作。你可以向工厂的人力资源部门或相关负责人说明你的工伤情况和治疗需求，提交医疗机构出具的诊断证明、病假条等相关材料，办理请假手续。如果工厂以各种理由拒绝你请假或要求你按照普通请假处理，这是不合法的。
- 权益保障：在工伤治疗期间，工厂不得解除与你的劳动合同。如果工厂违法解除劳动合同，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求工厂继续履行劳动合同或者支付赔偿金。同时，你还可以要求工厂按照规定支付你停工留薪期内的工资、护理费等费用。如果工厂未依法为你缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由工厂支付全部工伤保险待遇。
特殊情况说明：如果工伤治疗结束后，你仍然需要继续休息，但已经超出了停工留薪期，那么此时就需要按照工厂的普通请假制度来处理。不过，在这种情况下，工厂应当根据你实际情况，合理安排你的工作或休息时间，并按照规定支付相应的工资或生活费。
建议：在处理工伤治疗期间请假问题时，建议你保留好相关证据，如工伤认定决定书、诊断证明、病假条、与工厂沟通的记录等。如果与工厂在请假或待遇问题上发生争议，可以及时向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，随时可以向我咨询。