公司停发工资的合法理由在法律上有严格限制，一般情况下，无正当理由停发工资是违法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、劳动合同正常履行期间无故停发工资违法
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第七条也指出，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，且至少每月支付一次。
分析：
- 在劳动合同正常履行期间，公司无故停发工资违反了上述法律规定，侵害了劳动者获得劳动报酬的权利。劳动者有权要求公司立即支付拖欠的工资，并可能要求公司支付因停发工资而造成的经济损失和相应的赔偿金。
二、因法定事由停发工资可能合法
法律依据：
- 《工资支付暂行规定》第十五条允许在特定情况下（如代扣个人所得税、社会保险费用等）代扣劳动者工资。
- 《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，可按合同约定要求其赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。
分析：
- 在这些法定事由下，公司停发或扣除相应部分工资是合法的，但需严格遵循法律规定的条件和限制。例如，公司不能随意扩大代扣范围或提高扣除比例，否则仍构成违法。
三、特殊情况下停发工资需遵循相关规定
法律依据：
- 《工资支付暂行规定》第十二条规定，非因劳动者原因造成单位停工、停产的，在一个工资支付周期内应按劳动合同规定支付工资；超过一个周期的，若劳动者提供正常劳动，则工资不得低于当地最低工资标准。
分析：
- 在企业停工、停产等特殊情况下，公司是否停发工资及如何发放需根据具体情况判断，并应遵循相关规定。例如，如果停工、停产是由于公司自身原因造成的，且劳动者提供了正常劳动，那么公司应支付不低于当地最低工资标准的工资。
四、劳动者的维权途径
与公司协商：
- 劳动者应首先尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司停发工资的行为违反法律规定，并要求公司恢复工资发放。在沟通过程中，建议以书面形式（如电子邮件）向公司人力资源部门或上级领导说明情况，并保留好相关记录作为证据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果与公司协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。投诉时需准备好相关材料，包括劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明公司存在违法行为。劳动监察部门会依法对用人单位进行调查，并责令其支付拖欠的工资。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的处理未能满足劳动者的要求，或者公司拒绝履行支付义务，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时，需要提交书面仲裁申请和相关证据材料，详细阐述仲裁请求和所根据的事实、理由。仲裁委员会将在受理后的一定期限内作出裁决，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金等。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意，或者公司不履行仲裁裁决，劳动者可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。诉讼过程中，法院会根据双方提交的证据和事实情况进行审理，并作出判决，以确保劳动者的合法权益得到维护。
五、注意事项
- 在整个维权过程中，劳动者应始终保持冷静和理性，依法行事。
- 要注意保护和收集所有与公司存在劳动关系的证据材料，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等。
- 劳动者有权要求公司支付因停发工资而造成的经济损失和相应的赔偿金。
总结与建议：公司停发工资的合法理由在法律上有明确限制，一般情况下无正当理由停发工资是违法的。劳动者应了解自己的权益，并在遭遇此类情况时积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。