结论前置：公司不能仅因员工在二次劳动能力鉴定期间不去上班就认定员工自动离职，这种做法缺乏法律依据。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

1. 自动离职的认定条件：自动离职通常是指劳动者不辞而别，擅自离开工作岗位，且未履行任何离职手续。而在员工申请二次劳动能力鉴定期间，员工有合理的理由暂时无法正常上班，这并不符合自动离职的特征。根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位解除劳动合同需要有法定事由，如员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等，仅以员工未上班就认定自动离职不符合法律规定。
2. 二次劳动能力鉴定期间的权利义务：员工申请二次劳动能力鉴定是为了确定其劳动能力受损程度，这是员工维护自身合法权益的合理行为。在此期间，员工可能因身体原因无法正常工作，用人单位应该给予理解和支持，而不是将其视为自动离职。如果用人单位以此为由解除劳动合同，可能构成违法解除，需要承担相应的法律责任，如支付经济赔偿金等。

从实际操作角度

1. 公司的正确做法：公司应该与员工进行沟通，了解员工未上班的具体原因和二次劳动能力鉴定的进展情况。如果员工确实因身体原因无法上班，公司可以根据实际情况安排员工休病假，并按照规定支付病假工资。同时，公司应该积极配合员工进行二次劳动能力鉴定，提供必要的协助和支持。
2. 员工的应对措施：员工在二次劳动能力鉴定期间，应该及时向公司说明情况，并提供相关的证明材料，如医院的诊断证明、鉴定申请等。如果公司认定员工自动离职，员工可以与公司进行协商，要求公司撤销错误的决定。如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

从风险防范角度

1. 公司的风险：如果公司错误地认定员工自动离职，可能会面临劳动仲裁或诉讼的风险。在劳动仲裁或诉讼中，公司需要承担举证责任，证明员工存在自动离职的行为。如果公司无法提供充分的证据，将承担不利的法律后果，如支付经济赔偿金、恢复劳动关系等。
2. 员工的风险：员工在二次劳动能力鉴定期间，如果不及时与公司沟通，也不提供相关的证明材料，可能会给公司造成误解，认为员工无故旷工。在这种情况下，公司可能会依据规章制度对员工进行处理，甚至解除劳动合同。因此，员工应该积极与公司沟通，维护自己的合法权益。

建议：如果公司已经认定你自动离职，你可以先与公司进行协商，要求公司撤销错误的决定。如果协商无果，你可以收集相关证据，如医院的诊断证明、鉴定申请、与公司的沟通记录等，向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。