针对不合法的用工劳动纪律，处理方式需结合具体违法情形及法律后果综合判断，以下是分情况说明：

1. 若劳动纪律内容本身违法（如限制员工婚育自由、强制加班无补偿等）

   • 员工有权拒绝执行：根据《劳动合同法》第38条，用人单位规章制度违反法律、法规规定损害劳动者权益的，劳动者可解除劳动合同并主张经济补偿。
     
   • 可向劳动监察部门投诉：依据《劳动保障监察条例》第11条，劳动行政部门有权查处用人单位违法制定劳动纪律的行为，责令改正并可能处以罚款。
     
   • 申请劳动仲裁确认无效：若因执行违法纪律导致权益受损（如克扣工资、违法处罚），可申请仲裁要求撤销处罚决定或赔偿损失。

2. 若劳动纪律制定程序违法（如未经民主程序、未公示告知等）

   • 纪律条款可能被认定无效：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第50条，规章制度未履行民主程序或未公示的，不得作为管理依据。
     
   • 用人单位需承担举证责任：若员工主张不知情，用人单位需证明已通过培训、签字等方式履行告知义务，否则可能面临败诉风险。

3. 若执行过程中存在违法行为（如体罚、侮辱、超范围罚款等）

   • 可能涉及行政或刑事责任：根据《治安管理处罚法》第42条，侮辱、诽谤他人可处拘留或罚款；若构成犯罪（如强迫劳动罪），依法追究刑事责任。
     
   • 员工可主张侵权赔偿：依据《民法典》第1165条，用人单位因过错侵害员工权益的，需承担民事赔偿责任。

建议行动步骤：

1. 收集证据：保留劳动纪律文本、执行记录（如罚款通知、监控录像）、沟通记录等；
   
2. 协商解决：与用人单位沟通，要求撤销违法决定并恢复权益；
   
3. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
   
4. 法律救济：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。
   

提示：劳动纪律的合法性需同时满足内容合法、程序民主、公示告知三要件，缺一不可。若您遇到具体情形，可进一步说明细节，我将为您分析法律风险及应对策略。