结论：合伙协议中甲方占股60%、乙方占股40%，但风险分配为甲方99%、乙方1%的约定，本身并不直接违反法律的强制性规定，但其合理性及公平性可能受到质疑，并可能引发法律纠纷。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律合规性角度

1. 股权与风险分配的独立性：

   • 股权比例通常代表合伙人在合伙企业中的出资比例、利润分配比例及决策权等。
   • 风险分配则是指合伙人在合伙企业运营过程中，对可能出现的风险（如亏损、债务等）的承担比例。
   • 法律并未明确规定股权比例与风险分配必须一致，因此，从法律合规性角度看，这种约定并不直接违法。

2. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有充分的合同自由，包括约定股权比例和风险分配。

二、合理性及公平性角度

1. 显失公平的风险：

   • 如果风险分配与股权比例严重失衡，如本例中甲方承担99%的风险而仅享有60%的股权，乙方则相反，这种约定可能被视为显失公平。
   • 显失公平的合同可能面临被撤销或变更的风险，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，基于重大误解或显失公平实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销或变更。

2. 实际履行中的争议：

   • 在合伙企业运营过程中，如果发生亏损或债务，按照风险分配比例承担责任可能导致一方承担过重的负担，从而引发争议。
   • 特别是当亏损或债务远超合伙企业的预期时，这种争议可能更加激烈。

三、法律建议

1. 重新审视风险分配条款：

   • 合伙人在签订合伙协议时，应充分考虑股权比例与风险分配的合理性及公平性，避免约定显失公平的条款。
   • 如果确实需要差异化的风险分配，应明确约定风险分配的具体情形、计算方式及调整机制等，以减少争议的可能性。

2. 完善合伙协议的其他条款：

   • 除了股权比例和风险分配外，合伙协议还应明确约定利润分配、决策机制、合伙期限、解散与清算等关键条款。
   • 这些条款的完善有助于保障合伙企业的稳定运营和合伙人的合法权益。

3. 寻求专业法律意见：

   • 在签订合伙协议前，建议合伙人咨询专业律师的意见，以确保合伙协议的合法性和有效性。
   • 律师可以根据合伙人的具体情况和需求，提供个性化的法律建议和解决方案。

示例说明：假设甲乙双方签订了一份合伙协议，约定甲方占股60%、乙方占股40%，但风险分配为甲方99%、乙方1%。在合伙企业运营过程中，如果发生亏损100万元，按照风险分配比例，甲方需承担99万元，乙方仅承担1万元。这种分配方式显然对甲方不利，可能引发争议。如果甲方认为这种分配方式显失公平，可以向人民法院或仲裁机构请求撤销或变更该条款。

总结：合伙协议中股权比例与风险分配的约定应充分考虑合理性及公平性，避免约定显失公平的条款。如有需要，建议咨询专业律师的意见以确保合伙协议的合法性和有效性。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。