结论：甲方先收投资成本是否违法，不能一概而论，需结合合伙协议的具体约定以及相关法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合伙协议有明确约定的情况
如果合伙协议中明确规定了甲方作为占股60%的合伙人，在特定条件下（如达到一定的盈利目标、经营期限届满等）有权优先收回其投资成本，且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害其他合伙人的合法权益，那么甲方先收投资成本的行为是合法的。因为合伙协议是合伙人之间设立、变更、终止合伙关系的协议，对全体合伙人具有法律约束力。
二、合伙协议无明确约定的情况
按照出资比例分配原则：
- 在没有合伙协议明确约定的情况下，根据《中华人民共和国合伙企业法》的相关规定，合伙企业的利润分配、亏损分担，按照合伙协议的约定办理；合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。
- 如果按照此原则，甲方占60%的股份，乙方占40%的股份，那么在没有特别约定的情况下，利润和亏损应按照此比例进行分配。甲方无权单独优先收回其投资成本，除非得到乙方的同意。
可能涉及的法律后果：
- 如果甲方未经乙方同意，擅自先收回其投资成本，可能构成对乙方权益的侵害。乙方有权要求甲方返还多收的部分，并可能要求甲方承担因此造成的损失。
- 在极端情况下，如果甲方的行为严重损害了合伙企业的利益或其他合伙人的权益，乙方还有权依据法律规定或合伙协议的约定，要求解散合伙企业或对甲方进行除名等。
三、特殊情况下的考虑
- 如果甲方在合伙企业中承担了更多的风险或责任（如提供了关键的技术、管理或市场资源等），且这种风险或责任在合伙协议中得到了明确的认可和补偿机制，那么甲方在某些情况下可能享有优先收回投资成本的特殊权利。但这种权利必须基于合伙协议的明确约定，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
建议：
- 对于合伙人来说，在签订合伙协议时，应明确约定利润分配、亏损分担以及投资成本回收等关键条款，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果已经发生了类似的纠纷，建议双方首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求第三方调解或依据法律规定通过诉讼、仲裁等方式解决。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。