结论：合伙协议中约定一方承担99%的风险，另一方承担1%的风险，这样的约定本身并不违法，但具体是否有效及能否得到执行，需结合合伙协议的具体内容、合伙目的、双方权利义务的平衡以及相关法律法规的规定来综合判断。
分析说明：
合同自由原则：
- 根据合同自由原则，合伙人在签订合伙协议时，有权自主约定各自的权利、义务和责任分担方式。因此，从原则上讲，合伙人之间可以约定一方承担大部分风险，另一方承担小部分风险。
风险与收益的平衡：
- 尽管合同自由原则允许这样的约定，但风险与收益通常应当保持平衡。如果一方承担了绝大部分风险，却只享有极少的收益，而另一方则相反，这样的约定可能因显失公平而面临被撤销或变更的风险。法院或仲裁机构在审查此类协议时，会考虑双方的实际贡献、投入以及风险承担能力等因素。
合伙目的与协议内容的一致性：
- 合伙协议应当明确合伙的目的、业务范围、各合伙人的出资方式、数额和缴付出资的期限，以及利润分配、亏损分担办法等。如果风险分担的约定与合伙目的或协议中的其他条款存在冲突或不一致，可能会影响该约定的有效性。
法律法规的强制性规定：
- 合伙协议的内容不得违反法律法规的强制性规定。例如，如果合伙协议中的风险分担约定违反了《合伙企业法》中关于合伙人责任分担的强制性规定，那么该约定将被视为无效。不过，就您所描述的情况而言，单纯的风险分担比例约定并不直接违反法律法规的强制性规定。
法律建议：
- 审慎约定风险分担：在签订合伙协议时，双方应审慎考虑风险分担的比例，确保既符合合同自由原则，又体现公平合理。建议根据双方的实际贡献、投入以及风险承担能力等因素来综合确定风险分担比例。
- 明确协议内容：合伙协议应详细、明确地约定各方的权利、义务和责任分担方式，包括风险分担的具体比例、方式以及触发条件等。这有助于减少后续纠纷的发生，并保障合伙企业的稳定运营。
- 咨询专业律师：在签订合伙协议前，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和需求，提供针对性的法律建议和风险防范措施，确保合伙协议的合法性和有效性。
后续行动与可能后果：
- 如果双方已经签订了包含上述风险分担约定的合伙协议，且该协议未违反法律法规的强制性规定，也未显失公平，那么该约定通常是有效的。双方应按照协议约定履行各自的权利和义务。
- 如果后续发生纠纷，双方可以首先尝试通过协商、调解等方式解决。如果协商、调解无果，任何一方均有权向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据具体情况作出裁决。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素来判断风险分担约定的有效性和合理性。