关于“用租赁五十年的协议进行诉讼是否有效”的问题，结论如下：

1. 租赁协议中超出二十年部分的无效性：

   • 根据我国《民法典》第七百零五条的规定，租赁期限不得超过二十年。若租赁合同中约定的期限超出此范围，则超出部分自动失效。因此，在一份租期为五十年的租赁协议中，仅有前二十年的租赁条款是合法有效的，受到法律保护；而超过二十年的那三十年部分，由于违反了法律的强制性规定，是无效的，对双方不具有法律约束力。

2. 诉讼时效的适用：

   • 对于租赁协议中的有效部分（即前二十年），如果一方认为其权利受到侵害，应当在知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼，这是根据《民法典》第一百八十八条关于诉讼时效的规定。例如，若承租人未按照约定支付租金，出租人应在知道或应当知道权利被侵害之日起三年内提起诉讼。
   • 对于无效部分（即超过二十年的三十年），由于它本身不具有法律效力，因此不存在基于这部分无效约定而提起诉讼的问题。但如果因无效部分产生了其他纠纷，如因无效约定导致的损失赔偿等，受损方仍应在知道或应当知道损失发生及赔偿义务人之日起三年内提出索赔。

3. 实际操作中的建议：

   • 在签订租赁合同时，双方应充分了解并遵守相关法律法规的规定，确保租赁期限不超过法律规定的二十年上限，以避免因超出期限而导致的合同无效问题。
   • 如果双方已经签订了租期为五十年的租赁合同，那么在合同的前二十年有效期内，双方应严格履行合同约定的各项条款。当二十年期满后，双方可以根据当时的实际情况和市场环境，重新协商并确定后续的租赁关系。如果双方愿意继续租赁，可以签订新的租赁合同，但务必确保新的租赁期限不超过法律规定的二十年上限。
   • 在任何情况下，如果一方认为其权利受到侵害，都应及时行使权利，避免因超过诉讼时效而丧失法律保护。同时，应妥善保存租赁合同、付款记录、沟通函件等证据，以确保维权依据充分。

总结与进一步思考： 租赁五十年的协议中，只有前二十年的部分是有效的，可以进行诉讼；而超过二十年的部分是无效的，不能基于这部分无效约定提起诉讼。在签订和履行租赁合同时，双方应充分了解并遵守相关法律法规的规定，以确保合同的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。