结论前置：土地租赁转让协议中约定的50年建房后的效力问题，需根据土地性质、合同签订主体与程序、合同内容以及《民法典》关于租赁期限的规定综合判断。一般而言，租赁期限超过20年的部分无效，但特定类型土地如林地、草地等在符合特定条件下可能有例外，且建房行为本身需符合土地用途规划。以下从不同角度详细分析：
一、租赁期限与土地性质
一般规定：
- 根据《民法典》第七百零五条，租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。这一规定适用于所有类型的土地租赁，是基本原则。因此，对于大多数土地类型，50年租地合同中超过20年的部分将不被法律认可。
特殊土地类型：
- 耕地：耕地的承包期法定为三十年，但这并不改变租赁期限不得超二十年的基本原则（除非该承包经营权流转有特别规定且符合其他条件）。所以，若单纯以租赁形式租耕地建房，50年租期中超出20年的部分无效，且建房行为可能因改变土地用途而违法。
- 草地与林地：草地的承包期为三十年至五十年，林地的承包期为三十年至七十年。然而，在租赁关系中，仍要遵循《民法典》第七百零五条规定，即租赁期限不得超过二十年，超过部分无效。除非存在特殊的合法流转情形且符合法律规定，否则50年租期不会全部有效。同时，建房行为需符合土地用途规划，否则可能面临法律责任。
- 建设用地：对于通过出让方式取得的建设用地使用权租赁，可能受到出让年限等限制，但同样要受租赁期限不得超二十年规定的约束。若租赁期限超过20年，超过部分无效。建房行为需符合建设用地规划许可证和建设工程规划许可证的要求。
二、合同签订主体与程序
主体资格：
- 合同双方必须具有相应的民事行为能力和合法的土地处置权。出租方必须是土地合法的所有权人或有处分权人，否则合同可能无效。例如，若出租方未经集体经济组织同意擅自出租农村集体土地，合同可能因主体不适格而无效。
程序合规：
- 特定土地租赁行为，如农村集体土地对外出租，可能需要经过村民会议三分之二以上成员或代表同意，并报乡（镇）人民政府批准。未履行法定程序的，合同效力受影响。例如，若未履行上述程序而签订50年租地合同，合同可能因程序违法而无效。
三、合同内容与法律法规
合法合规：
- 合同内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益。例如，擅自将农用地用于非农建设的租赁条款无效。若50年租地合同中包含违法建房条款，该条款无效，且可能面临法律责任。
意思表示真实：
- 合同必须是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。存在这些情形的，一方可在法定期间内行使撤销权，使合同自始无效。例如，若出租方以欺诈手段诱使承租方签订50年租地合同，承租方有权撤销合同。
四、租赁期限届满后的处理与建房行为
租赁期限届满后的处理：
- 租赁期间届满，当事人可以续订租赁合同；但是，约定的租赁期限自续订之日起不得超过二十年。这意味着，在20年或相应法定最长租赁期限届满后，双方如需继续租赁，应重新签订租赁合同，并确保新的租赁期限符合法律规定。若原合同租赁期限超过20年，超过部分无效，双方需就剩余期限重新协商并签订合法合同。
建房行为：
- 建房行为必须符合土地用途规划、建设用地规划许可证和建设工程规划许可证的要求。若未经批准擅自建房，可能面临拆除、罚款等法律责任。因此，在签订土地租赁转让协议时，应明确建房行为是否符合规划要求，并确保相关手续齐全。
总结：在处理土地租赁转让协议50年建房后的效力问题时，应综合考虑土地性质、合同签订主体与程序、合同内容以及《民法典》关于租赁期限的规定。一般而言，租赁期限超过20年的部分无效，且建房行为需符合土地用途规划。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。