关于自建房合作建房协议五十年是否有效的问题，结论前置：合作建房协议的期限并非决定其有效性的唯一因素，协议的有效性需根据具体内容、法律规定及双方意愿综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议期限与法律规定：

   • 在我国，法律并未明确规定合作建房协议的最长期限。然而，根据《民法典》及相关法律法规，合同或协议的内容应当合法、合规，且不得违反公序良俗。因此，即使协议中约定了五十年期限，也需确保该期限内的权利义务安排符合法律规定。
   • 需要注意的是，土地使用权是有期限的。如果合作建房涉及土地使用权，那么协议期限不得超过土地使用权的剩余期限。否则，超出部分可能被视为无效。

2. 协议内容与双方意愿：

   • 协议的有效性主要取决于其内容是否明确、具体，且双方是否在自愿、平等的基础上达成一致。如果协议内容合法、合规，且双方均表示同意，那么即使期限较长（如五十年），也不影响其有效性。
   • 然而，如果协议内容存在模糊、歧义或违反法律规定的情况，或者一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，那么协议可能被视为无效或可撤销。

3. 实际履行与变更：

   • 协议的有效性还与其实际履行情况有关。如果双方在协议期限内均按照约定履行了各自的义务，且未发生争议或纠纷，那么协议通常被视为有效。
   • 如果在协议履行过程中发生变更或解除的情况，双方应当协商一致并签订书面协议进行确认。否则，单方面变更或解除协议可能构成违约行为。

4. 法律风险与建议：

   • 对于合作建房协议五十年期限的情况，建议双方在签订协议前充分了解相关法律规定和风险，并咨询专业律师的意见。
   • 在协议中明确约定双方的权利义务、违约责任及争议解决方式等条款，以确保协议的合法性和有效性。
   • 如果在协议履行过程中发生争议或纠纷，双方应当及时协商解决或寻求法律途径进行维权。

综上所述，自建房合作建房协议五十年是否有效并非由期限单一决定，而是需根据协议内容、法律规定及双方意愿综合判断。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。