核心结论：只有一份原件的三方协议，在学生手里且学校和企业都没有原件的情况下，该协议仍然可以生效。但协议的生效与原件的持有情况并非直接相关，而是取决于协议是否满足法律规定的生效要件。
法律背景与解释：
协议生效的要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（协议）的生效主要取决于双方（或多方）当事人的真实意思表示一致，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 具体到三方协议，只要学校、企业和学生三方在协议上签字或盖章，且协议内容合法合规，那么该协议即具有法律效力，无论原件由哪一方持有。
原件与复印件的法律效力：
- 原件是协议最原始、最直接的证据，具有最高的证明力。但在法律上，复印件（包括扫描件、传真件等）在符合一定条件时，也可以作为证据使用，只是其证明力相对较弱。
- 如果协议只有一份原件，且在学生手里，而学校和企业都没有原件，这并不影响协议的生效。但如果在后续履行或争议解决过程中，需要证明协议的内容，学生可能需要提供原件或经过公证的复印件作为证据。
实际建议：
- 保留好原件：学生应妥善保管好这份三方协议的原件，以防丢失或损坏。
- 制作复印件并公证：为了以防万一，学生可以考虑制作几份协议的复印件，并到公证处进行公证，以增强复印件的证明力。
- 及时沟通：如果学校或企业需要协议原件或复印件用于备案或其他用途，学生应积极配合，但可以要求对方出具书面接收证明，以证明对方已经收到了协议。
可能的风险与后果：
- 如果协议原件丢失或损坏，且没有制作复印件或进行公证，那么在后续履行或争议解决过程中，可能会面临无法证明协议内容的困境。
- 如果学校或企业以未收到协议原件为由拒绝履行协议义务，学生可能需要通过法律途径来维护自己的权益，这可能会增加维权成本和时间成本。
进一步思考：
- 在签订三方协议时，各方应明确协议的生效条件、履行方式、违约责任等关键条款，以减少后续争议的可能性。
- 如果可能的话，各方可以协商制作多份协议原件，并分别由各方保管，以降低原件丢失或损坏的风险。
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