关于三方协议学校审核不通过是否生效的问题，结论如下：
协议生效的基本原则：
- 三方协议，作为毕业生、用人单位和学校之间的约定，其生效通常需要三方的共同签署。从合同法的角度来看，只有三方均签字或盖章后，协议才成立并生效。这是协议完整性和有效性的基础。
- 如果协议中明确规定了“需三方全部签字或盖章才能生效”，那么学校审核不通过（即未签字或盖章）将导致协议无效。
协议内容对效力的影响：
- 协议中可能包含特殊约定，如“本协议经毕业生和用人单位签字或盖章后即生效，无需学校签字”。在这种情况下，即使学校未签字，协议也可按约定生效。
- 因此，在签署三方协议前，应仔细阅读协议内容，特别是关于生效条件的条款，以确保了解协议的具体生效要求。
实际履行行为对协议效力的影响：
- 在某些情况下，尽管学校未签字，但毕业生已实际到用人单位报到并开始工作，用人单位也接受了毕业生并履行了相应的义务（如安排工作、发放工资等）。根据《民法典》中关于合同实际履行的规定，这种以实际行动履行协议主要义务的行为，可能会被法院认定为协议已经生效并实际履行。
- 然而，这种情况在司法实践中需要结合具体证据和实际情况由法院来最终判定。因此，不能仅凭实际履行行为就断定协议一定生效。
条款合法性的考量：
- 即便协议生效，也不意味着其中的所有条款都具备法律效力。协议中的条款必须符合相关法律法规的规定，不能存在违法违规的内容。否则，该条款可能会被视为无效。
- 因此，在签署协议前，除了关注生效条件外，还应仔细审查协议内容，确保其合法合规。
建议与行动指南：
- 仔细阅读协议内容：在签署三方协议前，务必仔细阅读协议内容，特别是关于生效条件和条款合法性的部分。
- 咨询法律意见：如果对协议内容或生效条件有疑问，建议直接向我咨询，我可以提供专业的法律意见和解释。
- 保留证据：如果在实际履行过程中遇到问题或争议，应保留好相关证据（如工作记录、工资单等），以便在需要时证明自己的权益。
可能遇到的法律后果：
- 如果协议因学校未签字而无效，毕业生和用人单位可能需要重新协商并签署新的协议。
- 如果协议被认定为有效但存在违法违规条款，这些条款可能会被法院宣告无效，但不影响协议其他部分的效力。
- 如果因协议问题引发争议或诉讼，毕业生和用人单位可能需要承担相应的法律责任和诉讼成本。
总之，三方协议的生效与否取决于具体的协议内容和各方的签署情况。在签署协议前，应充分了解协议内容并咨询法律意见，以确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。