结论：政府部门一般无权让企业负责人长时间不回家配合工作，也无权直接不让其使用手机，但特定情况下，如涉及重大案件调查且符合法定程序时，可能存在例外。
详细分析：
关于长时间不回家配合工作：
- 一般原则：在我国，公民的人身自由受法律保护，非经法定程序，任何组织或个人不得非法限制或剥夺。企业负责人作为公民，同样享有这一权利。政府部门不能随意要求企业负责人长时间不回家配合工作，这可能构成对公民人身自由的侵犯。
- 例外情况：如果企业负责人涉嫌严重违法犯罪，且被依法采取刑事强制措施（如拘留、逮捕等），则其人身自由会受到限制，此时可能需要长时间配合调查，但这必须是在法律规定的程序和范围内进行。
关于不让使用手机：
- 一般原则：手机作为现代通讯工具，是公民日常生活和工作中不可或缺的一部分。政府部门无权直接剥夺企业负责人使用手机的权利，除非在特定情况下，如为了防止证据灭失、避免干扰调查等，且必须依法进行。
- 例外情况：在刑事侦查过程中，如果侦查机关认为企业负责人使用手机可能会干扰调查或销毁证据，可以依法采取技术侦查措施或扣押手机等通讯工具。但这一行为必须严格遵守法律程序，如出示搜查证、扣押决定书等法律文书，并告知被扣押人相关权利。
法律建议：
- 如果企业负责人遇到政府部门要求其长时间不回家配合工作或不让使用手机的情况，应首先询问对方是否有合法的法律手续（如搜查证、拘留证等）。
- 如果对方无法提供合法手续，企业负责人有权拒绝并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 如果对方提供了合法手续，企业负责人应配合调查，但同时也有权要求保障自己的合法权益，如及时通知家属、聘请律师等。
可能的法律后果：
- 如果政府部门非法限制企业负责人的人身自由或剥夺其使用手机的权利，可能构成违法行为，企业负责人有权依法追究相关责任人的法律责任。
- 如果企业负责人涉嫌违法犯罪且被依法采取刑事强制措施，则应积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。
进一步思考：
- 在实际操作中，政府部门在行使权力时必须严格遵守法律程序，确保公民的合法权益不受侵犯。
- 企业负责人也应增强法律意识，了解自己的权利和义务，以便在遇到类似情况时能够正确应对。
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