政府部门一般无权让企业负责人长时间不回家配合工作，但在特定情况下，如涉及重大案件调查或紧急情况，可能会依法采取限制措施。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的权利限制
在正常情况下，政府部门并没有权力要求企业负责人长时间不回家配合工作。企业负责人作为公民，享有基本的个人自由和权利，包括人身自由、家庭生活权等。政府部门在行使职权时，必须遵循法定程序和权限，不得侵犯公民的合法权益。
二、特定情况下的法律授权
然而，在特定情况下，如涉及重大案件调查、紧急情况处置等，政府部门可能会依法采取限制措施。这些措施通常包括：
传唤与询问：
- 政府部门（如公安机关）在调查案件时，有权依法传唤企业负责人到指定地点接受询问。
- 传唤应当出示工作证件和传唤证，并告知被传唤人传唤的原因和依据。
- 传唤时间一般不得超过十二小时；案情特别重大、复杂，需要采取拘留、逮捕措施的，经县级以上公安机关负责人批准，传唤时间可以延长至二十四小时。但即便如此，也不意味着企业负责人需要长时间不回家，除非被依法采取拘留、逮捕等强制措施。
拘留与逮捕：
- 如果企业负责人涉嫌犯罪，且符合拘留、逮捕条件，政府部门可以依法对其采取拘留、逮捕措施。
- 在这种情况下，企业负责人将被羁押在看守所等羁押场所，无法回家。但这是基于刑事诉讼法的规定，且必须经过法定程序，如检察院批准逮捕等。
其他限制措施：
- 在某些特殊情况下，如涉及国家安全、恐怖活动等，政府部门可能依法采取其他限制措施，如监视居住等。
- 这些措施同样需要遵循法定程序和权限，且不得侵犯公民的合法权益。
三、法律保障与救济途径
法律保障：
- 公民的人身自由和权利受法律保护，任何侵犯公民合法权益的行为都将受到法律制裁。
- 政府部门在行使职权时，必须遵循法定程序和权限，确保公民的合法权益不受侵犯。
救济途径：
- 如果企业负责人认为政府部门的限制措施侵犯了其合法权益，可以依法向有关部门提出申诉或控告。
- 也可以寻求法律援助或聘请律师进行维权，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、建议与提醒
配合调查：
- 如果企业负责人被政府部门要求配合调查，应当积极配合，如实提供相关信息和证据。
- 但同时也有权要求政府部门出示相关法律文书和证件，确保自己的合法权益不受侵犯。
了解法律：
- 企业负责人应当了解相关法律法规，明确自己的权利和义务。
- 在遇到类似情况时，能够冷静应对，依法维护自己的合法权益。
及时咨询：
- 如果对政府部门的限制措施有疑问或不满，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总之，政府部门一般无权让企业负责人长时间不回家配合工作，但在特定情况下可能会依法采取限制措施。企业负责人应当了解相关法律法规，积极配合调查，并在必要时寻求法律援助或聘请律师进行维权。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。