结论：签了“自今日起再无经济纠纷”的协议后，在一般情况下，不能再主张未签劳动合同的二倍工资，但存在特定情形时可能例外。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的处理原则
协议效力：
- 如果双方签订的“自今日起再无经济纠纷”协议是真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在法律上是有效的。
- 这意味着，员工在签署该协议后，通常视为对之前可能存在的劳动权益（如未签订书面劳动合同的双倍工资差额）的一种放弃，不能再就这些权益向公司主张权利。
放弃权利：
- 签署此类协议，通常被视为员工对之前劳动权益的明确放弃。因此，在协议有效的情况下，员工再要求公司支付未签劳动合同的二倍工资，很难得到法律支持。
二、特殊情况下的处理
尽管在一般情况下，签署“自今日起再无经济纠纷”协议后不能再主张未签劳动合同的二倍工资，但存在以下特定情形时，员工仍可能有机会主张：
协议存在瑕疵：
- 如果协议是在欺诈、胁迫或乘人之危等情形下签订的，或者协议内容显失公平，员工可以请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
- 一旦协议被撤销，员工就有权重新主张自己的劳动权益，包括未签劳动合同的二倍工资。
未涵盖所有争议：
- 如果协议仅针对某一具体事项或时间段内的经济纠纷进行约定，而未明确涉及未签订书面劳动合同的双倍工资差额问题，那么员工仍然有权就该问题向公司主张权利。
后续新发生的事实：
- 如果在签订协议后，又发生了新的与未签劳动合同双倍工资差额相关的事实（如公司后续承认未签订劳动合同的事实并愿意承担相应责任），员工也可以基于这些新事实向公司主张权利。
三、法律建议
- 谨慎签署协议：在签署任何涉及劳动权益放弃的协议前，员工应仔细阅读协议内容，确保自己完全理解并同意协议中的各项条款。如有疑问，应及时咨询专业律师。
- 保留证据：如果员工认为协议存在瑕疵或未涵盖所有争议，应尽可能保留相关证据，以便在需要时证明自己的主张。
- 及时主张权利：如果员工认为自己的劳动权益受到侵害，应及时向公司提出主张，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。如果你在实际操作中遇到类似问题，或者有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。