一般情况下，入职时未签合同，工作两年后补签的，劳动者不能再主张未签劳动合同的二倍工资，但存在特殊情形时仍可主张。以下是对此问题的详细分析：

一般不能主张的情况及原因

• 法律规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。而“补签”劳动合同意味着用人单位和劳动者在后续达成了签订书面合同的合意并实际签署。从法律目的来看，二倍工资差额的设立是为了督促用人单位及时与劳动者签订书面合同，明确双方权利义务。“补签”行为在一定程度上弥补了未及时签约的瑕疵，所以通常认为劳动者不能再主张未签劳动合同的二倍工资差额。
• 示例：假设您于2022年1月1日入职某公司，直到2023年1月1日才与公司补签了劳动合同，合同期限约定从2022年1月1日起算。在这种情况下，由于公司已经与您补签了劳动合同，且合同期限涵盖了实际用工期间，一般法院会认为公司已经履行了签订书面合同的义务，您不能再主张2022年2月1日至12月31日期间未签劳动合同的二倍工资差额。

特殊可主张的情况及条件

• 倒签日期不认可：如果用人单位与劳动者补签劳动合同时，将合同签订日期倒签到实际用工之日，并且没有证据证明该倒签行为是劳动者真实意思表示，或者劳动者能够证明是在受到胁迫、欺诈等情况下签订的，那么这种补签行为可能不被认可。此时，劳动者仍然可以主张未签劳动合同的二倍工资差额。
  • 案例：假设您于2022年5月1日入职某企业，企业在2024年5月1日要求您补签合同，并将合同落款日期写为2022年5月1日。您当时不同意倒签，但在企业的压力下无奈签字。后来您通过劳动仲裁等方式维权，仲裁机构或法院在审理过程中，如果发现确实存在企业胁迫您倒签的情况，会认定该补签行为无效，支持您主张2022年6月1日至2023年4月30日期间未签劳动合同的二倍工资差额（但需注意，最长不超过11个月）。
• 补签后仍存在未覆盖的未签约期间：若补签的劳动合同期限未能完全涵盖实际用工期间中未签订书面合同的时段，对于未覆盖的部分，劳动者依然有权主张二倍工资差额。
  • 示例：假设您于2023年3月1日入职某单位，直至2024年3月1日才补签劳动合同，但合同约定期限仅从2023年5月1日开始。这种情况下，对于2023年3月1日至4月30日这个未被合同覆盖的实际用工但未签约的期间，您可以主张未签劳动合同的二倍工资差额。
• 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。在未签劳动合同的情形下，仲裁时效通常从用人单位不签订书面劳动合同的违法行为结束之次日起开始计算。但需注意，不同地区对于仲裁时效的起算点规定可能有所差异，有些地方规定逐月计算时效，有些地方则从应当支付双倍工资的最后一个月起算一年时效。因此，在具体案件中需结合当地规定进行判断。如果存在中断仲裁时效的法定事由，如您曾向用人单位主张过签订劳动合同或支付双倍工资、用人单位承诺支付等情形，仲裁时效会中断，并从中断时起重新计算。在这种情况下，即使已经工作两年后补签合同，仍有可能获得部分月份的双倍工资支持，但一般最多支持11个月的双倍工资。

维护合法权益的建议

• 收集证据：您应及时收集并保留好能证明劳动关系的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
• 要求补签无固定期限劳动合同：虽然不能再要求双倍工资，但您可以要求用人单位补签无固定期限劳动合同，以明确双方的权利和义务。如果用人单位拒绝补签，您可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
• 追求其他赔偿或补偿：您仍然可以就用人单位未依法签订书面劳动合同的行为，要求其承担相应的法律责任，比如支付因未签劳动合同而可能产生的其他赔偿或补偿等。

综上所述，入职时未签合同，工作两年后补签的，在一般情况下您不能再主张未签劳动合同的二倍工资，但存在特殊情形时仍可主张。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。