核心结论：员工在店里购买商品时，老板的收费方式需根据具体情况确定，主要分为以下两种情况：

1. 若员工购买商品属于正常消费行为
   老板应按照商品的正常市场价格或店内公示价格向员工收费，不得因员工身份而给予不合理优惠或加价。

   • 法律依据：根据《消费者权益保护法》第十条，消费者享有公平交易权，经营者不得设定不公平、不合理的交易条件。员工作为消费者，其权益受法律保护，老板需确保价格透明、合理。
     
   • 实务建议：若店内有会员价、折扣价等优惠，可统一适用于员工；但若优惠仅针对非员工客户，则不得单独为员工设置特殊价格，避免涉嫌价格歧视或利益输送。

2. 若员工购买商品属于内部福利或职务相关行为
   老板可与员工协商确定收费方式，例如按成本价收费、部分补贴或免费，但需符合公司规章制度或劳动合同约定。

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三条，用人单位与劳动者可依法约定劳动报酬、福利待遇等事项。若公司规章制度或劳动合同中明确规定了员工购买商品的优惠政策（如内部价、福利补贴等），则老板需按约定执行。
     
   • 实务建议：
     
     • 明确内部政策：建议老板通过书面形式（如员工手册、劳动合同补充条款）明确员工购买商品的收费标准，避免口头约定引发纠纷。
       
     • 公平性原则：若提供优惠，需确保对所有员工一视同仁，避免因差异对待引发劳动争议。
       
     • 税务合规：若员工以低于市场价购买商品，需注意是否涉及个人所得税问题（如视为员工福利需代扣代缴个税），建议咨询税务专业人士。

总结：老板的收费方式需根据员工购买行为的性质（正常消费或内部福利）确定，核心原则是公平、透明且符合法律规定。若有疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。