结论：员工因公司违法被刑拘，是否会有案底取决于最终是否被法院判定有罪。若最终判定有罪，则会有案底；若最终判定无罪或案件被撤销、不起诉，则不会有案底。
详细分析：
刑拘与案底的关系：
- 刑拘，即刑事拘留，是公安机关在侦查过程中，对现行犯或者重大嫌疑分子所采取的临时剥夺其人身自由的强制方法。刑拘本身并不等同于有罪判决，它只是侦查阶段的一种强制措施。
- 案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪被法院判定有罪后留下的记录。因此，刑拘本身不会直接产生案底。
有罪判决与案底：
- 如果员工因公司违法行为被刑拘后，经过法院审理并被判定有罪，那么该员工就会有案底。这个案底会记录在其个人档案中，可能对其未来的就业、出国等方面产生一定影响。
- 法院判定有罪的依据是员工是否确实实施了犯罪行为，以及该行为是否构成犯罪。如果员工只是被公司违法行为牵连，而并未实际参与犯罪，或者其行为不构成犯罪，那么法院就不会判定其有罪。
无罪判决、撤销案件与不起诉的情况：
- 如果员工被刑拘后，经过侦查、审查起诉等阶段，最终法院判定其无罪，或者案件被撤销、不起诉，那么该员工就不会有案底。
- 在这些情况下，员工的刑拘记录虽然会存在，但不会作为犯罪记录被记录在其个人档案中。这些记录通常只会在公安机关内部留存，用于后续的侦查或审查工作。
法律建议：
- 如果员工因公司违法行为被刑拘，建议其尽快咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。
- 律师可以帮助员工分析案件情况，提供法律意见，并代表员工与公安机关、检察机关或法院进行沟通，争取最有利的结果。
- 如果员工最终被判定无罪或案件被撤销、不起诉，建议其及时申请删除或封存相关刑拘记录，以减少对其未来生活的影响。
可能后果：
- 如果员工被判定有罪，除了会有案底外，还可能面临刑罚的处罚，如有期徒刑、罚金等。
- 如果员工被判定无罪或案件被撤销、不起诉，虽然不会有案底，但刑拘期间可能会对其工作、生活造成一定影响，如失去工作、家庭关系紧张等。因此，员工在面临刑拘时，应积极应对，寻求法律帮助。