结论：个人惩罚员工之后是否会留下案底，这主要取决于惩罚的性质以及是否触犯了刑法并被法院判决有罪。
详细分析：
行政处罚与刑事处罚的区别：
- 行政处罚：如果个人对员工的惩罚仅构成行政处罚（如罚款、警告等），并且这些处罚是由行政机关（如劳动监察部门）作出的，那么通常不会留下案底。行政处罚记录一般会在行政机关内部存档，但不会像刑事处罚那样公开或长期保留在个人档案中。
- 刑事处罚：如果个人对员工的惩罚行为触犯了刑法，如构成故意伤害罪、非法拘禁罪等，并且被法院判决有罪，那么就会留下案底。刑事处罚记录会保存在个人档案中，对个人的社会信用、就业等方面可能产生长期影响。
个人惩罚员工的法律性质：
- 个人并非法律上的执法主体，无权对员工进行行政处罚或刑事处罚。如果个人以非法手段惩罚员工，如殴打、拘禁等，这些行为很可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
- 在劳动关系中，员工的管理和处罚应由用人单位按照法律法规和内部规章制度进行。个人无权擅自对员工进行惩罚。
案底的影响：
- 如果个人因惩罚员工而被法院判决有罪并留下案底，这将对个人的社会信用产生负面影响。在求职、贷款、出国等方面可能受到限制或歧视。
- 案底还可能影响个人的政治权利，如选举权和被选举权等。
法律建议：
- 遵守法律法规：个人在处理与员工的关系时，应严格遵守法律法规，不得擅自对员工进行惩罚。
- 通过合法途径解决问题：如果与员工之间存在纠纷或矛盾，应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
- 咨询专业律师：如果对相关法律问题存在疑问或不确定如何处理，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
后续行动建议：
- 如果您已经对员工进行了非法惩罚，并且担心可能面临法律责任，建议立即停止该行为，并咨询专业律师以了解可能的法律后果和应对措施。
- 如果您作为员工受到了个人的非法惩罚，建议及时报警并保留相关证据，以便维护自己的合法权益。
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