离职时，休息天的工资是否扣除，主要取决于具体的工作制度以及员工在休息日的实际工作情况，一般情况下不应扣除休息日的工资。下面我将从不同工作制度的角度为你详细分析：
一、标准工时制
周末休息日不计入工作天数：
- 在标准工时制下，周末是员工的正常休息日，不计入工作天数来计算工资。月计薪天数通常按照21.75天来计算，这是基于年计薪天数365天减去104天休息日后，再除以12个月得出的。
- 计算公式：日工资 = 月工资收入 ÷ 21.75；离职工资 = 月工资 ÷ 21.75 × 实际出勤天数（这里的实际出勤天数不含周末休息日）。
- 举例：假设某员工月工资为6000元，离职当月实际工作了15天（不含周末休息日），则其离职当月工资 = 6000 ÷ 21.75 × 15 ≈ 4137.93元。
离职日恰好是周末：
- 若该周末是法定休息日且无特殊约定（如调休），则不计入工作天数，不额外支付工资，但也不扣除。
- 若该周末属于调休上班，则应计入工作天数并计算工资。
二、不定时工作制
- 对于实行不定时工作制的员工，工资计算主要依据实际出勤完成工作任务的时间，不存在固定的周末概念。因此，在计算离职工资时，主要依据实际工作小时数或完成的任务量来确定，不涉及专门扣除周末的问题。
三、综合计算工时工作制
- 在综合计算周期内（如周、月、季、年），某一具体日的实际工作时间可以超过法定标准，但总工作时间不应超过法定标准工作时间。
- 如果离职结算时计算周期内包含周末，且总工作时间未超过法定标准，周末不单独计算工资；若超过，则超出部分按加班计算工资，即支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
四、特殊情况与争议解决
劳动合同或书面协议约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或其他书面协议中对离职工资的计算方式有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，双方应按照约定执行。
调休与补班：
- 若劳动者在离职前有调休且在调休过程中有部分时间需在离职后进行补班，由于员工离职后将无法履行补班义务，此时用人单位在符合规定的情况下，有权扣除相应时间段内的薪资，但这种情况较为特殊，且需有明确的法律依据或合同约定。
争议解决：
- 如果劳动者与用人单位之间因离职工资的计算发生争议，劳动者可以依法向劳动仲裁机构提出申诉，以维护自身权益。
总结与建议：
- 在大多数情况下，离职时休息日的工资是不应扣除的，除非存在特殊情况（如调休后需在离职后补班但无法履行的情况）。
- 如果你对离职工资的计算有疑问或争议，建议首先与用人单位进行沟通协商，明确计算方式和依据。
- 如果协商不成，你可以依法向劳动仲裁机构提出申诉，以维护自己的合法权益。
希望以上分析能对你有所帮助，如果你还有其他法律问题，欢迎直接向我咨询。