关于建设用地使用权转让纠纷的管辖权规定，主要依据民事诉讼法的相关规定以及不动产纠纷的特殊管辖原则来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一般地域管辖原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。这一原则同样适用于建设用地使用权转让纠纷，即一般情况下，纠纷应由被告住所地或经常居住地（对于公民）或住所地（对于法人或其他组织）的人民法院管辖。
特殊地域管辖原则——不动产纠纷专属管辖：
- 建设用地使用权转让纠纷属于不动产纠纷范畴。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。这意味着，在建设用地使用权转让纠纷中，无论被告住所地或经常居住地在哪里，纠纷都应由建设用地所在地的人民法院管辖。这一规定体现了不动产纠纷的特殊性，旨在便于法院调查取证、执行判决，以及保护当事人的合法权益。
协议管辖的例外情况：
- 尽管民事诉讼法允许当事人在一定条件下通过协议选择管辖法院，但在不动产纠纷中，这一原则受到限制。具体来说，如果建设用地使用权转让合同中包含管辖协议，且该协议违反了不动产纠纷专属管辖的原则，那么该协议将被视为无效。因此，在建设用地使用权转让纠纷中，当事人不能通过协议选择非不动产所在地的人民法院作为管辖法院。
法律建议：
- 在处理建设用地使用权转让纠纷时，当事人应首先确认纠纷的性质是否属于不动产纠纷范畴。
- 如果属于不动产纠纷，则应直接向建设用地所在地的人民法院提起诉讼，无需考虑被告住所地或经常居住地等因素。
- 如果合同中包含管辖协议，且该协议可能违反不动产纠纷专属管辖的原则，当事人应谨慎评估协议的有效性，并在必要时寻求专业法律帮助。
可能的法律后果：
- 如果当事人错误地选择了非不动产所在地的人民法院作为管辖法院，且该法院受理了案件，那么在案件审理过程中，被告可能会提出管辖权异议。如果法院认定异议成立，案件将被移送至不动产所在地的人民法院审理。这不仅会浪费当事人的时间和精力，还可能影响案件的审理进度和结果。
综上所述，建设用地使用权转让纠纷的管辖权主要依据不动产纠纷的特殊管辖原则来确定，即由不动产所在地的人民法院专属管辖。当事人在处理此类纠纷时，应严格遵守这一原则，以确保案件的顺利审理和自身合法权益的保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。