公司打卡系统有定位功能本身并不违法，但具体是否合法需结合公司使用定位功能的方式、目的以及是否侵犯员工隐私权等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司打卡系统定位功能的合法性基础
公司管理权：
- 公司作为用人单位，为了维护正常的生产经营秩序，确保员工按时到岗工作，有权采取一定的管理措施。打卡系统作为公司管理工具之一，其定位功能在一定程度上可以帮助公司核实员工的出勤情况，这是公司行使管理权的体现。
法律法规未明确禁止：
- 目前，我国法律法规并未明确禁止公司打卡系统具有定位功能。只要公司使用定位功能的方式合法、合理，且未侵犯员工的合法权益，该功能的使用就是合法的。
二、公司打卡系统定位功能可能涉及的违法情形
侵犯员工隐私权：
- 如果公司打卡系统的定位功能过于精确，能够实时追踪员工的行踪轨迹，甚至在非工作时间也持续定位，这可能构成对员工隐私权的侵犯。根据《民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。
非法收集、使用员工个人信息：
- 如果公司未经员工同意，擅自收集、使用员工的定位信息，或者将定位信息泄露给第三方，这也可能构成违法行为。根据《个人信息保护法》的相关规定，处理个人信息应当遵循合法、正当、必要和诚信原则，不得通过误导、欺诈、胁迫等方式处理个人信息。
三、公司如何合法使用打卡系统定位功能
明确告知员工：
- 公司在引入打卡系统定位功能前，应当明确告知员工该功能的使用目的、方式、范围等，并征得员工的同意。这可以通过员工手册、培训、公告等方式进行。
限制定位范围和时间：
- 公司应当合理设置打卡系统的定位范围和时间，避免过度追踪员工的行踪轨迹。例如，可以仅在工作时间内定位员工的出勤情况，而非工作时间则不进行定位。
保护员工个人信息：
- 公司应当采取必要的技术措施和管理制度，确保员工的定位信息不被泄露、滥用或非法获取。同时，公司应当定期对打卡系统进行安全检查和维护，确保系统的稳定性和安全性。
四、员工如何维护自身权益
了解公司规章制度：
- 员工应当了解公司的规章制度和打卡系统的使用规定，明确自己的权利和义务。如果公司未经同意擅自使用定位功能或侵犯员工隐私权，员工有权向公司提出异议并要求停止侵权行为。
保留证据并寻求法律帮助：
- 如果员工认为公司的打卡系统定位功能侵犯了自己的合法权益，应当及时保留相关证据（如定位记录、公司通知等），并向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供进一步的法律咨询和维权建议。
总结来说，公司打卡系统有定位功能本身并不违法，但公司必须合法、合理地使用该功能，并尊重和保护员工的隐私权和个人信息。如果公司违反相关法律法规或侵犯员工权益，员工有权维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。